2) семейство
3) род
4) порядок
Вид является базовой, или основной, таксономической единицей в систематике микроорганизмов. В бактериологии вид объединяет штаммы, имеющие общее происхождение, сходные генетические и фенотипические признаки и устойчиво отличающиеся от представителей других видов. Видовое название бактерии строится по биноминальному принципу и включает название рода и видовой эпитет, например Escherichia coli.
Современное отнесение изолята к виду основано на полифазном подходе: учитывают морфологию, тинкториальные свойства, особенности роста и метаболизма, антигенную структуру, а также геномное родство. Для многих бактерий ориентировочными критериями видовой принадлежности служат средняя нуклеотидная идентичность геномов (ANI около 95–96%) и цифровая ДНК–ДНК-гибридизация не менее 70%, однако окончательное решение принимают с учётом совокупности признаков и требований Международного кодекса номенклатуры прокариот.
Род, семейство и порядок являются более высокими таксонами и объединяют соответственно близкородственные виды, роды и семейства. Поэтому они имеют меньшее разрешение при идентификации конкретного клинического изолята. Видовая принадлежность важна для эпидемиологической оценки, определения патогенности, прогноза антибиотикорезистентности и выбора диагностических тест-систем.
| Таксономический ранг | Положение в иерархии | Содержание и практическое значение |
|---|---|---|
| Домен | Наиболее высокий из приведённых рангов | Объединяет крупные группы организмов по фундаментальным особенностям клеточного строения и генома; бактерии относятся к домену Bacteria. |
| Тип | Ниже домена | Группирует организмы с общими эволюционными и геномными признаками, например Proteobacteria или Firmicutes. |
| Класс | Ниже типа | Объединяет родственные порядки; характеризуется общностью филогенетического происхождения и крупных биологических признаков. |
| Порядок | Ниже класса | Включает несколько родственных семейств и используется преимущественно для систематической группировки, а не для окончательной идентификации изолята. |
| Семейство | Ниже порядка | Объединяет близкие роды, сходные по филогенетическим и фенотипическим характеристикам. |
| Род | Ниже семейства | Содержит несколько близкородственных видов; родовое название является первой частью биноминального названия бактерии. |
| Вид | Основная таксономическая единица | Объединяет генетически и фенотипически близкие штаммы, отличимые от других видов; именно этот ранг является ключевым для видовой идентификации. |
Штамм представляет собой чистую культуру микроорганизма, выделенную из определённого источника, и может иметь индивидуальные свойства внутри вида. Подвид и другие внутривидовые категории применяют для более детальной дифференциации, но они не заменяют вид как основной таксон. В лабораторной практике видовую идентификацию проводят сочетанием культуральных, биохимических, масс-спектрометрических и молекулярно-генетических методов. Следовательно, правильным является выбор вид .