1) конкурентной гибридизации двух геномных ДНК-библиотек, полученных из клеток с кратными различиями в уровне плоидности
2) использовании в реакции гибридизации смеси уникальных последовательностей ДНК различной длины, специфичных определенной паре гомологичных хромосом
3) конкурентной гибридизации in situ двух геномных ДНК-библиотек, выделенных из анализируемой ткани и контрольного образца (+)
4) гибридизации ДНК-библиотек, полученных от разных видов организмов