1) изоляцию хромосомного материала, являющегося объектом исследования, из метафазной пластики с помощью механического, либо лазерного микродиссектора, и получение на его основе ДНК-зонда для обратной in situ гибридизации (+)
2) разделение на фрагменты хромосом, вовлеченных в структурные перестройки, для идентификации их происхождения
3) механическую сортировку клеточных популяций для определения уровня хромосомного мозаицизма
4) разрезание материала определенной хромосомы на препарате на отдельные фрагменты с целью создания хромосомо-специфичного ДНК-зонда