2) числе копий совокупности всех аутосом и отдельно половых хромосом (+)
3) результатах предварительно проведенной сравнительной геномной гибридизации на метафазных хромосомах
4) результатах предварительно проведенного кариотипирования G-окрашенных прометафазных хромосом
Хромосомный микроматричный анализ (CMA, включая array-CGH и SNP-микроматрицу) оценивает дозу генетического материала по всему геному, то есть выявляет потери и приобретения участков ДНК. При отсутствии количественных дисбалансов в записи по ISCN указывают число копий совокупности аутосом и отдельно половых хромосом: например, для женского кариотипа — arr[GRCh38](1-22)x2,(X)x2, для мужского — arr[GRCh38](1-22)x2,(X,Y)x1. Обозначение x2 означает две копии каждого перечисленного аутосомного хромосомного материала, а (X,Y)x1 — по одной копии X и Y.
Именно поэтому верен вариант 2: он отражает принцип записи нормального сбалансированного профиля числа копий при CMA. Поимённое указание каждой хромосомы требуется прежде всего при обнаружении анеуплоидии или структурного дисбаланса; в стандартной записи нормального набора используется группированное обозначение аутосом и раздельное обозначение половых хромосом. Сравнительная геномная гибридизация на метафазных хромосомах и G-окрашенное кариотипирование являются самостоятельными цитогенетическими методами и не представляют собой обязательные предварительные этапы CMA.
| Ситуация | Типичный результат CMA | Пример принципа записи | Диагностическое значение |
|---|---|---|---|
| Нормальный женский хромосомный набор | Аутосомы — по 2 копии, X — 2 копии | (1-22)x2,(X)x2 | Эуплоидный профиль числа копий |
| Нормальный мужской хромосомный набор | Аутосомы — по 2 копии, X и Y — по 1 копии | (1-22)x2,(X,Y)x1 | Эуплоидный профиль с мужским набором половых хромосом |
| Аутосомная трисомия | У соответствующей хромосомы 3 копии | 21x3 | Количественный дисбаланс, например трисомия 21 |
| Моносомия X | Одна копия X-хромосомы | (X)x1 | Признак 45,X или клеточной линии с моносомией X |
| Сегментарная делеция | Потеря копии ограниченного участка хромосомы | 7q...x1 | Патогенный дисбаланс, зависящий от координат и генов в регионе |
| Сегментарная дупликация | Приобретение дополнительной копии участка | 16p...x3 | Копийная вариация; клиническая значимость оценивается по размеру и содержимому региона |
| Сбалансированная транслокация или инверсия | Суммарное число копий может оставаться нормальным | По CMA может сохраняться профиль x2 | Не исключается микроматричным анализом; требуется кариотипирование, FISH или иной структурный метод |
В записи CMA обычно также фиксируют используемую сборку генома, координаты выявленного изменения и его размер. Нормальный результат по числу копий не исключает сбалансированных перестроек, небольших вариантов последовательности и некоторых форм низкоуровневого мозаицизма. Выбор дополнительного метода зависит от клинической задачи: для оценки структуры хромосом применяют кариотипирование или FISH, а для поиска вариантов последовательности — секвенирование. Таким образом, группированное указание копий аутосом и отдельное указание половых хромосом является обязательной основой записи сбалансированного профиля CMA.