2) триплоидий
3) тетраплоидий
4) анеуплоидий
Неаллельная гомологичная рекомбинация (NAHR) происходит между сходными по последовательности, но расположенными в разных локусах участками ДНК — сегментарными дупликациями или низкокопийными повторами (LCR). При их ошибочном выравнивании, чаще во время мейоза, кРоссовер происходит не между аллельными участками, а между неаллельными повторами. Если повторы ориентированы одинаково, результатом становятся рекомбинантные хромосомы с потерей участка — делецией — и с его дополнительной копией — дупликацией.
Такой механизм лежит в основе ряда рекуррентных микроделеционных и микродупликационных синдромов: размеры и границы перестроек часто сходны у разных пациентов, поскольку определяются положением фланкирующих LCR. Клинические проявления зависят от дозы генов и включают задержку психомоторного и речевого развития, интеллектуальные нарушения, врождённые пороки развития, эпилепсию и особенности фенотипа. Для выявления изменения числа копий применяют хромосомный микроматричный анализ, MLPA или количественную ПЦР; границы перестройки могут быть уточнены секвенированием участков соединения.
| Событие | Основной механизм | Геномный результат | Типичный лабораторный признак |
|---|---|---|---|
| NAHR между прямыми LCR | Неравный кРоссовер при ошибочном выравнивании повторов | Рекомбинантная хромосома с делецией и реципрокная дупликация | Изменение дозы участка, часто с повторяющимися границами |
| NAHR между инвертированными повторами | Рекомбинация участков, ориентированных в противоположных направлениях | Инверсия фрагмента хромосомы | Изменение ориентации последовательности без обязательной потери числа копий |
| Нерасхождение хромосом | Нарушение расхождения гомологов или сестринских хроматид | Анеуплоидия: трисомия или моносомия | Изменение числа отдельных хромосом при кариотипировании или FISH |
| Диспермия или оплодотворение диплоидной гаметы | Слияние гамет с суммарным набором 3n | Триплоидия | Три гомологичные копии каждой хромосомы |
| Нарушение цитокинеза или эндоредупликация | Удвоение генома без полноценного клеточного деления | Тетраплоидия, полный набор 4n | Четыре копии каждой хромосомы в клеточном наборе |
| Хромосомный микроматричный анализ | Сравнительная оценка количества ДНК по всему геному | Выявление делеций и дупликаций, включая субмикроскопические CNV | Логарифмическое отклонение сигнала и изменение соотношения аллелей |
Таким образом, NAHR изменяет структуру и дозу ограниченного хромосомного сегмента, но не удваивает и не добавляет целиком гаплоидный набор. Плоидии относятся к нарушениям числа полных наборов хромосом, а анеуплоидии — к избытку или недостатку отдельных хромосом и обычно связаны с нерасхождением. При подозрении на синдром, обусловленный NAHR, предпочтительным первичным исследованием является хромосомный микроматричный анализ с последующим подтверждением механизма и границ перестройки молекулярными методами.