1) способность вызывать поражения у человека, позволяющую разделять патогенные и непатогенные бактерии в различные классы
2) эволюционное происхождение
3) гомологию (сходство) ДНК у эталонных и исследуемых бактерий
4) отношение к окраске по Граму, морфологию и отношение к кислороду (+)