1) менять компенсаторы при каждом процессе облучения пациента
2) учёта ослабления излучения в слое воздуха между головкой ускорителя и компенсатором
3) учёта дополнительной дозовой нагрузки от вторичного позитронного излучения, что привносит нелинейность в процесс планирования
4) изготавливать компенсаторы для каждого поля, что требует достаточно много времени и специального оборудования (+)