1. совокупность всех метаболитов, являющихся конечным продуктом обмена веществ в клетке, ткани, органе или организме;+
2. совокупность генов сообщества микроорганизмов;
3. совокупность микроорганизмов человека, которые в норме и при патологии сосуществуют с ним, участвуют в физиологических и патофизиологических реакциях, метаболизме лекарственных веществ и гормонов;
4. сообщество микроорганизмов, населяющих конкретную среду обитания, или совокупность генов микроорганизмов такого сообщества.