2) стрептококки
3) непатогенные стафилококки
4) руминококки (+)
Энтеротипы представляют собой варианты структурно-функциональной организации кишечной микробиоты, выделенные по совместному преобладанию определённых таксонов при анализе метагеномных данных. В классификации, включающей варианты Bacteroides, Prevotella и Ruminococcus, третьему энтеротипу соответствует кластер с повышенной относительной представленностью бактерий рода Ruminococcus. Нумерация энтеротипов может различаться в отдельных публикациях, однако таксономический маркер данного варианта остаётся неизменным.
Представители рода Ruminococcus — преимущественно строгие анаэробы, участвующие в расщеплении сложных растительных полисахаридов. В частности, Ruminococcus bromii имеет важное значение для первичной деградации резистентного крахмала, после чего продукты ферментации используются другими микроорганизмами в рамках метаболического перекрёстного питания . Образующиеся короткоцепочечные жирные кислоты, прежде всего ацетат и другие органические кислоты, участвуют в поддержании энергетического обмена колоноцитов и барьерной функции кишечника.
Определение энтеротипа проводят преимущественно методами секвенирования 16S рРНК или полногеномного метагеномного анализа с последующей оценкой относительной abundантности таксонов и кластеризацией микробных сообществ. Энтеротип не является самостоятельным диагнозом и не устанавливается по результатам обычного бактериологического посева кала; это популяционно-статистическая характеристика, зависящая от питания, лекарственной терапии, возраста и других факторов.
| Компонент классификации | Преобладающий таксон | Основные метаболические особенности | Практическая интерпретация |
|---|---|---|---|
| Энтеротип 1 | Bacteroides | Утилизация белков, жиров и ряда сложных субстратов; высокая метаболическая пластичность | Чаще описывается при рационе с существенной долей животных белков и жиров |
| Энтеротип 2 | Prevotella | Активное расщепление растительных полисахаридов и пищевых волокон | Нередко связан с преимущественно растительным, богатым углеводами рационом |
| Энтеротип 3 | Ruminococcus | Ферментация резистентного крахмала, клетчатки и других трудно перевариваемых углеводов | Именно преобладание представителей этого рода служит признаком третьего энтеротипа в рассматриваемой схеме |
| Критерий выделения | Относительная abundантность и совместное присутствие таксонов | Используются профили микробиоты и расстояния между образцами с последующей кластеризацией | Оценивается структура сообщества, а не наличие одного микроорганизма в абсолютной концентрации |
| Методы исследования | Секвенирование 16S рРНК или shotgun-метагеномика | Позволяют выявлять культивируемые и труднокультивируемые анаэробные микроорганизмы | Рутинная культуральная диагностика для определения энтеротипа непригодна |
| Ограничения классификации | Энтеротипы имеют размытые границы | Состав микробиоты изменяется под влиянием диеты, антибиотиков, заболеваний и географических факторов | Энтеротип используют для описания микробного профиля, но не как самостоятельный критерий болезни |
Таким образом, правильность выбора определяется таксономическим маркером соответствующего кластера — родом Ruminococcus. Функционально этот вариант связан с переработкой сложных углеводов и образованием продуктов анаэробной ферментации. Выявление такого профиля требует молекулярно-генетического анализа микробиоты и должно интерпретироваться с учётом клинических и диетологических данных.