1) замене нуклеотидов в ДНК, приводящей к изменению сайта узнавания для таргетных эндонуклеаз рестрикции (+)
2) различной скорости движения однонитевых фрагментов ДНК в денатурирующем геле
3) различной температуре плавления мутантной ДНК и ДНК дикого типа
4) гидролизе ДНК с помощью метилчувствительной эндонуклеазы рестрикции