2) двумя нуклеотидами
3) четырьмя нуклеотидами
4) тремя нуклеотидами
SNP (single nucleotide polymorphism, однонуклеотидный полиморфизм) представляет собой вариабельный локус генома, в котором аллельные последовательности отличаются заменой только одного нуклеотида. Например, в одной аллельной форме в определённой позиции находится аденин (A), а в другой — гуанин (G). На уровне двуцепочечной ДНК такая замена соответствует различию одной пары нуклеотидов; чаще всего SNP являются биаллельными.
Молекулярной основой SNP служит точечная замена — транзиция или трансверсия — без изменения длины исследуемого участка. От делеций и вставок SNP отличается отсутствием утраты или добавления нуклеотидов, а от тандемных повторов — отсутствием вариабельного числа повторяющихся мотивов. В популяционной генетике термин полиморфизм обычно применяют к варианту, встречающемуся с частотой не менее 1%, тогда как редкая аналогичная замена может рассматриваться как частный вариант или мутация.
В судебно-медицинской генетике SNP используют как генетические маркеры для идентификации личности, установления родства, анализа биогеографического происхождения и исследования ассоциаций с наследственными признаками. Информативность одного SNP обычно ниже, чем у STR-маркера, поэтому для получения высокой индивидуализирующей способности исследуют панели из большого числа SNP-локусов. Корректное определение SNP основывается именно на различии аллелей в одной нуклеотидной позиции.
| Тип генетического варианта | Молекулярное отличие аллелей | Основной диагностический признак | Применение в генетике и судебной экспертизе |
|---|---|---|---|
| SNP | Замена одного нуклеотида в определённой позиции | Сохранение длины участка, чаще два аллеля | Идентификация, установление родства, анализ происхождения, фармакогенетика |
| Многочленный нуклеотидный вариант (MNP) | Одновременная замена двух и более соседних нуклеотидов | Изменение нескольких оснований в одном блоке | Расширенное генотипирование и анализ редких вариантов |
| Инсерция/делеция (indel) | Добавление или утрата одного или нескольких нуклеотидов | Изменение длины амплифицируемого фрагмента | Генетическая диагностика, идентификационные панели |
| STR-маркер | Изменение числа коротких тандемных повторов | Аллели различаются длиной повторяющегося блока | Стандартное ДНК-профилирование и анализ родства |
| VNTR | Изменение числа более длинных тандемных повторов | Значительная вариабельность размера повторяющегося участка | Исторические и специализированные методы генетической идентификации |
| CNV | Изменение числа копий крупного фрагмента генома | Дупликация или делеция участка размером от тысяч оснований и более | Исследование наследственных заболеваний и популяционных различий |
| Точечная патогенная мутация | Замена одного нуклеотида, нарушающая функцию гена | Связь с заболеванием, эффектом на белок или регуляцию экспрессии | Молекулярная диагностика; не всякая такая замена является популяционным полиморфизмом |
SNP может располагаться в кодирующей, регуляторной или некодирующей области гена. В кодирующей последовательности замена способна быть синонимичной, миссенс- или, реже, нонсенс-заменой, тогда как в некодирующих областях она может влиять на регуляцию экспрессии или не иметь выявляемого функционального эффекта. Для судебно-генетической интерпретации значение имеет совокупный профиль большого числа независимых SNP и рассчитанные частоты их аллелей в соответствующей популяции.