2) аминокислотой в белке
3) геномом
4) референсной последовательностью (+)
Замена нуклеотида в ДНК описывается относительно референсной последовательности — стандартизированного участка нуклеотидной последовательности, представленного в базе данных с указанием идентификатора и версии записи. В номенклатуре HGVS направление записи отражает переход от нуклеотида, находящегося в референсной последовательности, к выявленному альтернативному варианту: например, NM_000546.6:c.215C>G. Это обеспечивает однозначность интерпретации варианта и позволяет воспроизводимо сопоставлять результаты секвенирования между лабораториями.
Геномная координата определяет положение варианта, но сама по себе не указывает, с какой последовательностью сравнивался образец и какой нуклеотид считается исходным. Аминокислотное обозначение отражает возможное последствие замены для белка и не заменяет описание нуклеотидного изменения. Поэтому при судебно-генетическом исследовании особенно важно фиксировать референсную последовательность, её версию, тип координатной системы и обозначение аллелей; это предотвращает ошибки, связанные с различиями сборок генома, транскриптов и направлений считывания.
| Уровень описания | Префикс HGVS | Что обозначает | Пример | Практическое значение |
|---|---|---|---|---|
| Геномная ДНК | g. | Положение варианта в геномной референсной последовательности | NC_000017.11:g.7674220C>T | Требует указания конкретной хромосомной сборки или референсной записи |
| Кодирующая ДНК | c. | Нуклеотидная замена относительно транскрипта, содержащего кодирующую область | NM_000546.6:c.215C>G | Наиболее удобно для описания вариантов в экзонах и оценки их влияния на белок |
| Некодирующая транскрибируемая последовательность | n. | Вариант в транскрипте, для которого не используется координатная система кодирующей ДНК | NR_023343.2:n.145A>G | Применяется для некодирующих РНК и участков транскрипта вне CDS |
| Митохондриальная ДНК | m. | Замена относительно референсной митохондриальной последовательности | NC_012920.1:m.3243A>G | Учитывает особенности митохондриального генома и гетероплазмии |
| РНК | r. | Изменение нуклеотида в зрелой РНК | NM_000546.6:r.215c>g | Используется при описании вариантов, выявленных на уровне транскрипта |
| Белковый уровень | p. | Последствие нуклеотидного варианта для аминокислотной последовательности | NP_000537.3:p.Arg72Ser | Дополняет, но не заменяет первичное описание замены в ДНК |
| Геномная координата без референса | — | Только числовое положение на хромосоме | chr17:7674220 | Недостаточна для однозначной идентификации варианта без сборки и аллельного обозначения |
Референсная последовательность является исходной системой координат и аллельного сравнения при описании генетического варианта. Для полной идентификации необходимо указывать доступный идентификатор последовательности, номер версии и соответствующий префикс HGVS. При смене сборки генома или версии транскрипта координаты и обозначения варианта могут измениться, хотя биологически это будет тот же вариант. В экспертном заключении описание по референсной последовательности повышает юридическую и научную воспроизводимость генетических результатов.