1. защита прокариотической клетки от вирусов путем расщепления нуклеиновых кислот;+
2. расщепление бактериальной геномной ДНК по кодируемым в CRISPR кассете последовательностям в процессе деления клетки;
3. расщепление плазмидной ДНК для встраивания кодируемых ими полезных для бактерии признаков в собственный геном;
4. фрагментация ДНК эукариотической клетки в специфическом локусе для встраивания генома аденоассоциированных вирусов.