2) массового параллельного секвенирования (+)
3) микроматричной сравнительной геномной гибридизации
4) гибридизации in situ
Обозначение seq указывает на использование секвенирования, а запись (1–22,X)x2 отражает число копий хромосом: по две копии каждой аутосомы и две копии хромосомы X. Такой результат соответствует эуплоидному женскому хромосомному набору на исследованном уровне и формируется при оценке относительной представленности последовательностей всех хромосом.
В ПГТ для анализа анеуплоидий обычно применяют низкопокрытие массового параллельного секвенирования (NGS). После полногеномной амплификации ДНК клеток трофэктодермы одновременно считываются миллионы фрагментов, затем они выравниваются на референсный геном и подсчитываются по хромосомам. Избыток или недостаток числа прочтений позволяет выявить трисомию, моносомию, сегментные дисбалансы и, при достаточной доле аномальных клеток, мозаицизм.
Микроматричная сравнительная геномная гибридизация также оценивает изменения числа копий, однако основана на гибридизации ДНК с зондами микроматрицы, а не на чтении последовательностей. FISH использует флуоресцентные зонды к отдельным хромосомам или локусам и потому имеет ограниченную область анализа. Таргетное секвенирование направлено на заранее выбранные гены или участки и не является стандартным обозначением для скрининга числа копий всех хромосом в ПГТ.
| Метод | Основной принцип | Типичный результат | Диагностические возможности | Ключевое ограничение |
|---|---|---|---|---|
| Массовое параллельное секвенирование (NGS) | Одновременное чтение большого числа фрагментов ДНК и подсчёт их относительной представленности | seq(1–22,X)x2 | Оценка плоидности, анеуплоидий, части сегментных нарушений и мозаицизма | Зависимость точности от качества полногеномной амплификации, глубины чтения и порога мозаицизма |
| Микроматричная сравнительная геномная гибридизация (aCGH) | Конкурентная гибридизация исследуемой и референсной ДНК с микроматричными зондами | Профиль относительного сигнала или логарифма отношения сигналов | Выявление дисбалансов числа копий по всему геному | Результат формируется по интенсивности гибридизации, а не по секвенированию |
| FISH | Связывание флуоресцентных ДНК-зондов с определёнными хромосомными участками | Число флуоресцентных сигналов в отдельных клетках | Быстрая проверка ограниченного набора хромосом или локусов | Низкая широта исследования; невозможно полноценно оценить весь геном |
| Таргетное секвенирование | Секвенирование заранее выбранных генов, экзонов или мутаций | Нуклеотидный вариант, например SNV или небольшая индела | ПГТ моногенных заболеваний и анализ конкретных наследственных вариантов | Не предназначено для стандартного одновременного скрининга всех хромосом |
| Эуплоидный профиль | Нормальное число копий исследованных хромосом | По две копии аутосом и половых хромосом в данном случае | Отсутствие выявленной числовой аномалии хромосом | Не исключает моногенное заболевание, структурную сбалансированную перестройку или дефект имплантации |
| Анеуплоидный профиль | Отклонение числа копий одной или нескольких хромосом | x1, x3 или промежуточный мозаичный профиль | Выявление моносомий, трисомий и некоторых мозаичных состояний | Интерпретация мозаицизма требует учёта порогов метода и ограничений биопсии трофэктодермы |
Таким образом, решающим признаком является префикс seq, обозначающий секвенирование, а не гибридизационную технологию. Формат результата показывает количественную оценку хромосомного материала, характерную для анализа методом NGS в ПГТ. Вывод относится к исследованной биопсии и не гарантирует полноценность всех клеток эмбриона. Клиническое решение принимают с учётом показаний к ПГТ, генетического анамнеза и заключения генетика.