2) GXpert
3) MIRU-VNTR метод (+)
4) GenoType MTBDRplus
MIRU-VNTR является методом генотипирования Mycobacterium tuberculosis, применяемым в молекулярной эпидемиологии. Метод основан на полиморфизме числа тандемных повторов в участках генома, называемых MIRU (mycobacterial interspersed repetitive units). С помощью ПЦР определяют число повторов в нескольких локусах и формируют индивидуальный числовой профиль штамма, который сопоставляют с профилями из других образцов.
Сравнение MIRU-VNTR-профилей позволяет выявлять генетически близкие изоляты, формировать кластеры случаев, отслеживать вероятные цепочки передачи инфекции и анализировать распространение отдельных генетических линий, включая штаммы семейства Beijing. При этом совпадение профилей у пациентов указывает на эпидемиологическую связанность, но само по себе не доказывает прямую передачу инфекции и должно интерпретироваться с учетом времени, места и эпидемиологического анамнеза.
| Метод | Что исследуется | Основной результат | Значение для молекулярной эпидемиологии |
|---|---|---|---|
| MIRU-VNTR | Вариабельные локусы генома МБТ с тандемными повторами | Генотипический профиль и степень генетического родства изолятов | Выявление кластеров, анализ передачи и распространения штаммов |
| T-SPOT.TB | Т-клеточный иммунный ответ на антигены ESAT-6 и CFP-10 | Количество эффекторных Т-лимфоцитов, реагирующих на антигены МБТ | Диагностика инфицирования, но не типирование штамма |
| QuantiFERON-TB | Высвобождение интерферона-γ после стимуляции антигенами МБТ | Иммунологический ответ, свидетельствующий об инфицировании | Не позволяет установить источник заражения и эпидемиологическое родство изолятов |
| GeneXpert MTB/RIF | ДНК МБТ и участки гена rpoB | Обнаружение МБТ и вероятной устойчивости к рифампицину | Быстрая диагностика и скрининг лекарственной устойчивости, но не генотипирование штаммов |
| GenoType MTBDRplus | Мутации в генах rpoB, katG и промоторе inhA | Выявление МБТ и устойчивости к рифампицину и изониазиду | Определение лекарственной устойчивости, а не эпидемиологического родства |
| Полногеномное секвенирование | Нуклеотидная последовательность всего генома МБТ | Высокоточное определение генетических различий и мутаций устойчивости | Современный расширенный подход к расследованию вспышек и цепей передачи |
MIRU-VNTR особенно информативен при исследовании культур, выделенных от разных пациентов, поскольку позволяет сравнивать именно возбудитель, а не иммунный ответ организма. Метод не заменяет микроскопию, посев или тесты лекарственной чувствительности. В современной практике его возможности могут дополняться полногеномным секвенированием, обладающим более высоким разрешением. Следовательно, среди перечисленных подходов именно MIRU-VNTR непосредственно соответствует задаче изучения молекулярной эпидемиологии МБТ.