2) каталогом известных наследственных заболеваний и генов, ответственных за их развитие (+)
3) электронным архивом открытого доступа к результатам исследований в области медицины, биологии и техники
4) ресурсом, содержащим информацию о последовательностях белков и их функциональной значимости
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) — специализированный справочно-каталожный ресурс по генам человека и фенотипам, связанным преимущественно с моногенными заболеваниями и признаками. В записях систематизированы клиническое описание наследственных синдромов, тип наследования, сведения о гене и его локализации, известные аллельные варианты, фенотип–генотипические корреляции и ссылки на публикации. Поэтому OMIM соответствует характеристике каталога наследственных заболеваний и генов, ответственных за их развитие.
Практическое значение OMIM заключается в клинико-генетической навигации: по фенотипу пациента и предполагаемому типу наследования можно определить круг генов-кандидатов, уточнить молекулярную основу заболевания и выбрать направление лабораторного поиска — таргетное исследование, панель генов, экзомное или геномное секвенирование. Однако OMIM не является самостоятельным регистром всех мутаций и не выносит окончательное заключение о патогенности конкретного варианта; интерпретация результатов требует сопоставления с ClinVar, популяционными базами, данными функциональных исследований и критериями ACMG/AMP.
Другие перечисленные типы ресурсов имеют иное назначение. Интеграторы баз данных мутаций объединяют сведения о вариантах из нескольких источников, архивы публикаций хранят научные статьи и полнотекстовые материалы, а протеиновые базы описывают аминокислотные последовательности, доменную структуру и функции белков. OMIM фокусируется именно на связи между наследуемым фенотипом, геном и опубликованными доказательствами.
| Ресурс или тип базы | Основной объект описания | Использование в медицинской генетике |
|---|---|---|
| OMIM | Гены человека, моногенные заболевания, наследственные фенотипы, аллельные варианты и библиографические данные | Поиск генов-кандидатов, анализ фенотип–генотипических связей и уточнение наследственного синдрома |
| ClinVar | Клиническая интерпретация генетических вариантов: патогенный, вероятно патогенный, неопределённый и другие статусы | Оценка клинической значимости обнаруженного варианта с учётом представленных экспертных заключений |
| HGMD | Опубликованные варианты, ассоциированные с наследственными заболеваниями, включая мутации, влияющие на функцию гена | Поиск ранее описанных заболеваний-ассоциированных вариантов; доступ к части сведений ограничен лицензией |
| dbSNP | Однонуклеотидные варианты, короткие инсерции и делеции и другие полиморфизмы | Обозначение вариантов и оценка их распространённости; наличие варианта в dbSNP не означает патогенность |
| UniProt | Аминокислотные последовательности белков, их домены, функции, посттрансляционные модификации | Анализ последствий генетического варианта для структуры и функции белка |
| PubMed и PMC | Библиографические записи научных публикаций; PMC также содержит полнотекстовый архив части статей | Поиск первичных исследований, клинических наблюдений и доказательств для интерпретации генетических находок |
В клинической практике OMIM особенно полезен при подозрении на редкое наследственное заболевание и при составлении диагностической панели. Номер записи OMIM не заменяет молекулярно-генетическое подтверждение диагноза. Окончательная оценка должна учитывать клинические критерии, родословную, результаты секвенирования и качество доказательств по конкретному варианту. Сведения ресурса необходимо сопоставлять с актуальными руководствами и обновляемыми базами клинической интерпретации.