2) флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) с центромеро-специфичными ДНК-зондами
3) мультицветной флуоресцентной in situ гибридизацией (mFISH)
4) многоцветного сегментирования хромосом (mBAND)
При синдроме микроделеции 1p36 патологический участок располагается на коротком плече хромосомы 1, чаще в терминальной субтеломерной области. Для его выявления применяют FISH с локус-специфичным ДНК-зондом, комплементарным критической зоне 1p36. В норме такой зонд формирует два флуоресцентных сигнала — по одному на каждой гомологичной хромосоме 1; при делеции один из сигналов отсутствует, что подтверждает потерю соответствующего участка.
Метод позволяет исследовать метафазные и интерфазные ядра, поэтому пригоден для быстрой адресной верификации предполагаемой микроделеции. Одновременно используют контрольный зонд, расположенный в сохранной области хромосомы 1 или на другой хромосоме, чтобы исключить технический артефакт и подтвердить наличие исследуемого клеточного материала. Ограничением FISH является необходимость заранее знать предполагаемый локус: метод подтверждает наличие или отсутствие участка, но не определяет полный размер делеции и не выявляет изменения за пределами зоны гибридизации.
Центромеро-специфичные зонды предназначены преимущественно для оценки числа хромосом и выявления анеуплоидий, а не для диагностики потери терминального сегмента 1p. mFISH окрашивает целые хромосомы и используется главным образом для анализа сложных межхромосомных перестроек; небольшие делеции при этом могут оставаться незаметными. mBAND помогает уточнять внутрихромосомные перестройки и положение точек разрыва, но также не является оптимальным методом для адресной детекции микроделеции 1p36.
| Метод | Основной объект исследования | Диагностический признак | Применение при синдроме 1p36 | Основное ограничение |
|---|---|---|---|---|
| FISH с локус-специфичным зондом | Конкретный участок ДНК 1p36 | Отсутствие одного из двух ожидаемых сигналов | Адресное подтверждение микроделеции | Не определяет размер делеции вне зоны зонда |
| FISH с центромеро-специфичным зондом | Центромеры хромосом | Изменение числа центромерных сигналов | Оценка анеуплоидии, а не делеции 1p36 | Не маркирует терминальный участок короткого плеча |
| mFISH | Целые хромосомы, окрашенные разными флуорохромами | Необычная цветовая комбинация или обмен участками между хромосомами | Поиск сложных межхромосомных перестроек | Низкая чувствительность к малым делециям |
| mBAND | Последовательные сегменты одной хромосомы | Изменение порядка цветных полос и локализация точек разрыва | Уточнение внутрихромосомных перестроек хромосомы 1 | Не предназначен для первичного выявления микроделеции |
| Кариотипирование | Морфология и структура хромосом в метафазе | Видимое укорочение или структурная перестройка хромосомы | Выявление крупных делеций и несбалансированных перестроек | Недостаточное разрешение для большинства микроделеций |
| Хромосомный микроматричный анализ | Изменения числа копий по всему геному | Снижение интенсивности сигнала в сегменте 1p36 | Геномный поиск и оценка размера делеции | Не выявляет большинство сбалансированных перестроек |
В современной диагностике хромосомный микроматричный анализ часто используют для первичного поиска вариаций числа копий, особенно при задержке развития и множественных врождённых пороках. FISH сохраняет значение как быстрый подтверждающий тест при клиническом подозрении на синдром 1p36 или для проверки конкретной делеции, обнаруженной другим методом. При отрицательном результате FISH нельзя полностью исключить синдром, если делеция находится вне области, распознаваемой применённым зондом.