2) секвенирование отдельных генов
3) секвенирование экзома нового поколения (+)
4) исследование кариотипа
Секвенирование экзома нового поколения является наиболее рациональным методом, поскольку миоклонические эпилепсии детского и юношеского возраста характеризуются выраженной генетической гетерогенностью. Сходный фенотип может быть обусловлен вариантами множества генов, кодирующих ионные каналы, синаптические белки и регуляторы нейрональной возбудимости. Исследование всех белок-кодирующих областей позволяет одновременно анализировать тысячи генов, не ограничивая поиск заранее выбранной диагностической гипотезой.
Экзомное секвенирование особенно целесообразно при перекрывающихся клинических проявлениях: миоклониях, генерализованных тонико-клонических приступах, абсансах и генерализованной пик-волновой активности на электроэнцефалограмме. Предпочтительно исследование трио ребёнок — родители , поскольку оно помогает установить происхождение варианта, выявить изменения de novo и оценить соответствие предполагаемому типу наследования. Обнаруженные варианты интерпретируют с учётом фенотипа и критериев патогенности, а клинически значимые находки при необходимости подтверждают независимым методом.
Анализ одного гена оправдан при наличии высокоспецифичного фенотипа или известного семейного варианта, однако при клинически неоднородной эпилепсии он может привести к последовательному выполнению нескольких малоэффективных исследований. Кариотипирование обнаруживает преимущественно крупные хромосомные перестройки, но не большинство точечных замен и малых вставок или делеций. Секвенирование митохондриального генома показано при признаках митохондриальной патологии, например материнском типе наследования, прогрессирующей неврологической симптоматике, миопатии или мультисистемном поражении.
| Метод | Основная область выявления | Диагностическая целесообразность |
|---|---|---|
| Экзомное секвенирование нового поколения | Кодирующие области большого числа генов, преимущественно однонуклеотидные варианты и малые инделы | Предпочтительно при генетически гетерогенных и клинически перекрывающихся формах эпилепсии |
| Экзомное секвенирование трио | Варианты у пациента с сопоставлением генотипов родителей | Повышает точность оценки изменений de novo, наследования и сегрегации варианта |
| Секвенирование отдельного гена | Один заранее выбранный ген | Подходит при характерном моногенном синдроме или известном семейном варианте |
| Таргетная панель генов эпилепсии | Ограниченный перечень генов, связанных с эпилептическими синдромами | Возможная альтернатива, но требует обновления состава панели и не охватывает новые гены |
| Секвенирование митохондриального генома | Патогенные варианты митохондриальной ДНК | Показано при клинических и биохимических признаках митохондриального заболевания |
| Исследование кариотипа | Числовые и крупные структурные хромосомные аномалии | Имеет низкую разрешающую способность для большинства моногенных эпилепсий |
| Хромосомный микроматричный анализ | Субмикроскопические делеции и дупликации | Дополняет секвенирование при задержке развития, дисморфиях или подозрении на вариацию числа копий |
Результат экзомного исследования необходимо сопоставлять с типом приступов, возрастом дебюта, данными электроэнцефалографии и семейным анамнезом. Отрицательный результат не исключает генетическую природу заболевания, поскольку метод может не выявлять повторные экспансии, глубокие интронные изменения и часть сложных структурных вариантов. По мере накопления сведений о новых генах возможен повторный биоинформатический анализ ранее полученных данных. Молекулярное подтверждение уточняет прогноз, тип наследования и риск заболевания у родственников.