2) секвенирование по Сенгеру отдельных генов
3) микроматричное кариотипирование
4) MLPA митохондриальной ДНК
Врожденные миопатии представляют собой генетически гетерогенную группу заболеваний: сходный клинико-морфологический фенотип может быть обусловлен патогенными вариантами во множестве различных генов, включая RYR1, ACTA1, NEB, MTM1, DNM2 и другие. Поэтому экзомное секвенирование, позволяющее одновременно исследовать белок-кодирующие области большого числа генов, существенно повышает вероятность выявления молекулярной причины заболевания по сравнению с последовательным анализом отдельных генов. Особенно эффективно его применение при перекрывающихся клинических и гистологических фенотипах, когда заранее выбрать единственный ген-кандидат затруднительно.
Основой эффективности экзомного исследования является массовое параллельное секвенирование с анализом тысяч генов в рамках одного теста. Метод хорошо выявляет однонуклеотидные варианты и небольшие инсерции или делеции, составляющие значительную долю причин наследственных миопатий; при использовании трио-анализа пациента и родителей дополнительно облегчается оценка вариантов de novo, рецессивного и Х-сцепленного наследования. При этом отрицательный результат экзомного секвенирования не исключает генетического заболевания: структурные перестройки, некоторые изменения числа копий, повторные экспансии, глубокие интронные варианты и нарушения митохондриального генома могут требовать дополнительных специализированных методов.
Секвенирование по Сенгеру наиболее рационально при наличии конкретного предполагаемого варианта или хорошо очерченного моногенного фенотипа и часто используется для верификации отдельных находок. Микроматричный анализ преимущественно предназначен для выявления хромосомных микроделеций и микродупликаций и имеет меньшую диагностическую ценность при заболеваниях, обусловленных точечными вариантами. Исследования митохондриальной ДНК применяются при соответствующем клиническом подозрении, однако не являются универсальным методом подтверждения большинства врожденных миопатий.
| Метод | Основные выявляемые изменения | Роль при врожденных миопатиях |
|---|---|---|
| Экзомное секвенирование | Однонуклеотидные варианты, небольшие инсерции и делеции в кодирующих областях | Оптимально при выраженной генетической гетерогенности и неясном гене-кандидате |
| Секвенирование по Сенгеру | Варианты в выбранном участке конкретного гена | Целесообразно при известном семейном варианте или для прицельного подтверждения находки |
| Микроматричное кариотипирование | Микроделеции и микродупликации, то есть изменения числа копий участков хромосом | Более информативно при синдромальной патологии и подозрении на хромосомный дисбаланс |
| Анализ CNV специализированными методами | Делеции или дупликации отдельных экзонов и генов | Дополняет секвенирование, если предполагается изменение числа копий |
| Исследование митохондриальной ДНК | Патогенные варианты и отдельные перестройки митохондриального генома | Показано при признаках митохондриальной миопатии, но не как универсальный тест |
| Геномное секвенирование | Кодирующие и некодирующие варианты, часть структурных изменений | Может применяться при отрицательном экзоме и сохраняющемся подозрении на наследственную миопатию |
Молекулярный диагноз необходимо интерпретировать совместно с клиническим фенотипом, типом наследования, результатами нейромиографии и морфологического исследования мышечной ткани. Выявленный вариант оценивают по критериям патогенности и проверяют его соответствие предполагаемому механизму заболевания. Точная генетическая верификация важна не только для установления диагноза, но и для определения прогноза, медико-генетического консультирования семьи и выбора ген-специфической тактики наблюдения или лечения при ее наличии.