2) детектировать триплоидный хромосомный набор
3) зарегистрировать потерю хромосомного материала, размером не менее 5 млн.п.о. в точках разрыва при хромосомной транслокации (+)
4) определить процент анеуплоидных клеток при хромосомном мозаицизме
HR-CGH (высокоразрешающая сравнительная геномная гибридизация) сопоставляет интенсивность гибридизации ДНК пациента и контрольного образца по участкам генома. Снижение относительного сигнала указывает на делецию, а повышение — на дупликацию или другую прибавку копий. Поэтому при несбалансированной хромосомной транслокации метод способен зарегистрировать утрату фрагмента в области разрыва, если его размер достигает примерно 5 млн пар оснований и превышает разрешающую способность используемой платформы.
Принципиально важно, что HR-CGH выявляет изменения числа копий ДНК, но не устанавливает структуру хромосомной перестройки и происхождение хромосом от конкретного родителя. Сбалансированная транслокация без потери или приобретения материала обычно остается невыявленной. Для определения родительского происхождения применяют анализ полиморфных маркеров или трио-исследование, а для точной характеристики сбалансированных перестроек — кариотипирование, FISH или секвенирование.
Целая триплоидия также не является надежной мишенью стандартной HR-CGH: при сравнении с нормальной ДНК относительное соотношение копий по аутосомам может оставаться близким к норме. Метод может обнаруживать мозаичные изменения числа копий по промежуточному уровню сигнала, однако непосредственно подсчитать долю анеуплоидных клеток он не позволяет; для этого используют подсчет клеток при кариотипировании, FISH или другие количественные методы.
| Диагностическая задача | Возможности HR-CGH | Обоснование |
|---|---|---|
| Делеция или дупликация фрагмента хромосомы | Выявляет | Регистрирует изменение относительного числа копий ДНК по интенсивности гибридизации. |
| Потеря материала при несбалансированной транслокации | Выявляет при размере примерно от 5 Мб | Делеционный участок дает устойчивое снижение сигнала; обнаружение зависит от разрешения платформы. |
| Сбалансированная транслокация | Обычно не выявляет | Суммарное число копий генетического материала не изменяется, несмотря на изменение его расположения. |
| Родительское происхождение перестройки | Не определяет | Для этого необходимы родительские образцы и анализ STR-, SNP-маркеров или секвенирование. |
| Полная триплоидия | Не является надежным методом | Относительное сравнение ДНК может не показать равномерное увеличение плоидности всего генома. |
| Мозаичная анеуплоидия | Может выявить при достаточной доле патологических клеток | Сигнал имеет промежуточное значение, но отражает усреднение по образцу и не заменяет подсчет клеток. |
| Подсчет процента анеуплоидных клеток | Не выполняет непосредственно | Требуются методы с анализом отдельных клеток: кариотипирование или FISH с подсчетом диагностированных ядер. |
Таким образом, правильный ответ основан на способности HR-CGH выявлять субмикроскопические дисбалансы генома. Утрата участка размером не менее 5 Мб при транслокации формирует отчетливый профиль снижения числа копий. Для окончательной интерпретации результата необходимо учитывать размер варианта, границы обнаруженного дисбаланса и клинический фенотип пациента.