2) большой каталог генетических вариаций человека (+)
3) электронный архив открытого доступа к результатам исследований в области медицины, биологии и техники
4) ресурс, содержащий информацию о последовательностях белков и их функциональной значимости
Международный проект 1000 геномов был создан для систематического изучения генетического разнообразия человека. В его рамках выполнено полногеномное и экзомное секвенирование образцов представителей различных популяций, что позволило сформировать каталог однонуклеотидных вариантов, небольших вставок и делеций, вариантов числа копий и других структурных перестроек. Для многих вариантов указаны частота аллелей и их распределение по популяциям, поэтому основным результатом проекта стал большой каталог генетических вариаций человека.
Клиническое значение такого ресурса определяется возможностью сопоставить выявленный при секвенировании вариант с его популяционной частотой. Высокая частота варианта в общей популяции обычно не согласуется с его ролью как причины редкого высокопенетрантного заболевания, тогда как редкие или популяционно-специфичные варианты требуют дальнейшей оценки. Эти данные используются при интерпретации результатов генетического тестирования в соответствии с критериями ACMG/AMP совместно с другими признаками: данными о фенотипе, семейной сегрегации, функциональных исследованиях и состоянии гена.
Проект не является каталогом наследственных заболеваний и не устанавливает самостоятельно патогенность каждого обнаруженного варианта. Сведения о связи варианта с заболеванием представлены в специализированных клинических базах, а информация о белковых последовательностях и их функциях — в протеомных ресурсах. Таким образом, 1000 Genomes Project выполняет роль популяционного эталона для анализа вариабельности генома и медицинской генетики.
| Ресурс или категория данных | Основное содержание | Значение для генетической диагностики |
|---|---|---|
| 1000 Genomes Project | Популяционный каталог SNP, инделов, структурных вариантов и частот аллелей | Оценка распространённости варианта и его соответствия популяционному спектру |
| OMIM | Описание наследственных фенотипов и генов, связанных с заболеваниями | Поиск известных генотип–фенотипических связей и клинических проявлений |
| ClinVar | Клинические интерпретации генетических вариантов | Сопоставление варианта с категориями патогенный , вероятно патогенный , вариант неопределённого значения и другими |
| gnomAD | Крупный референсный набор популяционных частот генетических вариантов | Выявление слишком частых для данного заболевания вариантов и оценка редкости аллеля |
| UniProt | Последовательности белков, доменная организация и функциональные характеристики | Анализ возможного влияния варианта на структуру и функцию белка |
| PubMed | Библиографическая база научных публикаций в области биомедицины | Поиск опубликованных данных о клинических случаях, функциональных исследованиях и генах |
Популяционная частота является одним из ключевых критериев интерпретации, но не заменяет клиническую оценку варианта. Отсутствие варианта в каталоге не доказывает его патогенность, поскольку редкие варианты могут быть недостаточно представлены. Для окончательного заключения необходим комплексный анализ с учётом фенотипа пациента, наследования и других линий доказательств. Каталоги генетической вариабельности особенно важны при экзомном и геномном секвенировании, когда у одного пациента выявляется большое число потенциально значимых вариантов.