2) хромосомо-специфичного; короткое плечо хромосомы 17
3) уникального; последовательность гена KANSL1
4) уникального;последовательность гена RAI1 (+)
Синдром Смита—Магениса чаще всего обусловлен микроделецией участка 17p11.2, включающей ген RAI1. Поэтому для его молекулярно-цитогенетической диагностики применяют уникальный ДНК-зонд, комплементарный последовательности RAI1: при гибридизации in situ у пациента выявляется отсутствие сигнала на одной из гомологичных хромосом 17. Такой зонд позволяет обнаружить именно патологическую копийность локуса, тогда как общий хромосомо-специфичный зонд не определяет наличие делеции в конкретном участке.
Ген RAI1 кодирует регулятор транскрипции; его гаплонедостаточность лежит в основе характерного фенотипа: задержки психоречевого развития и интеллектуальной недостаточности, нарушений сна с инверсией циркадного ритма мелатонина, поведенческих расстройств, характерных черт лица, короткой кисти и брахидактилии. Ген KANSL1 расположен в другом регионе — 17q21.31, а его делеции связаны преимущественно с синдромом Кулена—де Вриса, поэтому этот ген не является диагностической мишенью при синдроме Смита—Магениса.
| Метод или объект исследования | Что выявляет | Диагностическое значение |
|---|---|---|
| Уникальный зонд к RAI1 | Отсутствие сигнала в локусе 17p11.2 на одной хромосоме 17 | Подтверждает делецию, типичную для синдрома Смита—Магениса |
| Хромосомо-специфичный зонд к хромосоме 17 | Наличие или идентичность хромосомы в целом | Не позволяет надежно определить микроделецию в области RAI1 |
| Стандартное кариотипирование | Крупные структурные перестройки и числовые аномалии | Может быть нормальным при субмикроскопической делеции 17p11.2 |
| Хромосомный микроматричный анализ | Изменения числа копий ДНК по всему геному | Высокочувствительный метод первичного выявления делеции 17p11.2 |
| Секвенирование RAI1 | Патогенные точечные варианты и небольшие инделы | Применяется при клиническом подозрении и отсутствии крупной делеции |
| Исследование KANSL1 | Нарушения локуса 17q21.31 | Имеет значение для диагностики синдрома Кулена—де Вриса, а не синдрома Смита—Магениса |
Отрицательный результат FISH не исключает синдром полностью, поскольку возможны небольшие варианты в RAI1, не попадающие в область конкретного зонда, или патогенные последовательностные варианты гена. В таких случаях предпочтительны хромосомный микроматричный анализ и секвенирование RAI1. Выбор метода должен учитывать клинический фенотип и предполагаемый тип генетического дефекта.