2) миссенс-мутации
3) сайленс-мутации
4) синонимичные замены
Нонсенс-мутация представляет собой замену нуклеотида, в результате которой кодон аминокислоты превращается в стоп-кодон. Преждевременное прекращение трансляции приводит к образованию укороченного белка, лишённого функционально значимого домена, либо к деградации соответствующей матричной РНК по механизму nonsense-mediated decay (NMD). Поэтому такие варианты обычно вызывают потерю функции гена и могут приводить к выраженному клиническому фенотипу, особенно при заболеваниях, обусловленных гаплонедостаточностью.
Высокая вероятность патогенности нонсенс-варианта отражается в классификации ACMG/AMP критерием PVS1 — очень сильным доказательством патогенности для вариантов, приводящих к потере функции, если для данного гена и заболевания доказан механизм loss-of-function. Однако автоматическое признание любого нонсенс-варианта патогенным недопустимо: оценивают его положение относительно последнего экзона, вероятность NMD, наличие альтернативного сплайсинга, возможность использования альтернативного старт-кодона и функциональную значимость удаляемого участка белка.
Миссенс-замена изменяет одну аминокислоту, поэтому её эффект варьирует от полного отсутствия функциональных последствий до нарушения структуры или активности белка. Синонимичные, или сайленс -замены, не изменяют аминокислотную последовательность, но в отдельных случаях могут нарушать сплайсинг, стабильность мРНК или скорость трансляции; чаще всего они имеют неопределённое или доброкачественное значение. Следовательно, среди перечисленных вариантов нонсенс-мутации в среднем обладают наиболее выраженным патогенным потенциалом.
| Тип варианта | Молекулярное последствие | Типичный функциональный эффект | Особенности интерпретации |
|---|---|---|---|
| Нонсенс-мутация | Появление преждевременного стоп-кодона | Укороченный белок или разрушение мРНК посредством NMD; потеря функции | Может соответствовать критерию ACMG PVS1 при доказанном механизме потери функции |
| Сдвиг рамки считывания | Изменение всех последующих кодонов с формированием нового стоп-кодона | Обычно тяжёлая потеря функции и образование дефектного белка | Часто высокопатогенен, но оценивается с учётом положения варианта и вероятности NMD |
| Вариант в сайте сплайсинга | Нарушение удаления интронов или соединения экзонов | Пропуск экзона, включение интронной последовательности или сдвиг рамки считывания | Патогенность подтверждается анализом РНК, функциональными тестами или убедительными предсказаниями |
| Миссенс-мутация | Замена одной аминокислоты другой | От нейтрального эффекта до нарушения структуры, стабильности или активности белка | Требует оценки консервативности, домена, физико-химических свойств и функциональных данных |
| Синонимичная (сайленс-) замена | Аминокислотная последовательность не изменяется | Обычно функция белка сохраняется | Может быть патогенна при нарушении сплайсинга, стабильности мРНК или регуляции трансляции |
| Внутрирамочная делеция или инсерция | Удаление или добавление числа нуклеотидов, кратного трём | Удаление или добавление аминокислот без сдвига рамки считывания | Эффект зависит от расположения варианта и роли соответствующего белкового домена |
Клиническая значимость варианта определяется не только его типом, но и механизмом конкретного наследственного заболевания. Для окончательной классификации учитывают частоту аллеля в популяционных базах, соответствие фенотипу, сегрегацию в семье, данные функциональных исследований и результаты анализа транскриптов. Вариант неопределённого значения не должен служить самостоятельным основанием для изменения лечения или проведения пресимптоматических вмешательств. Интерпретация должна выполняться с учётом актуальной версии рекомендаций ACMG/AMP и установленного генетического диагноза.