2) детекция хромосомных микроделеций
3) диагностика парацентрических инверсий
4) анализ комплексных хромосомных перестроек, с вовлечением трех и более хромосом (+)
Метод SKY (spectral karyotyping, спектральное кариотипирование) основан на многоцветной FISH-гибридизации: все 24 типа хромосом получают уникальные спектральные комбинации флуорохромов, которые распознаются системой цифрового анализа. На метафазной пластинке участки производных хромосом, происходящие от разных хромосом, имеют различные цветовые метки, что позволяет установить их происхождение и состав.
Наиболее существенная область применения SKY — исследование сложных хромосомных перестроек, особенно с вовлечением трех и более хромосом. Метод помогает расшифровать структуру маркерных и деривативных хромосом, выявить множественные транслокации и уточнить кариотип при опухолевых и врожденных цитогенетических нарушениях, когда стандартное GTG-бэндингование не позволяет надежно определить происхождение отдельных фрагментов.
Для изолированных перицентрических или парацентрических инверсий SKY обычно не является методом выбора: инвертированный участок сохраняет принадлежность к той же хромосоме и не меняет ее спектральный цвет. Микроделеции также могут быть меньше разрешающей способности метода и требуют применения хромосомного микроматричного анализа, локус-специфической FISH, MLPA или молекулярно-генетических методов.
| Цитогенетическая задача | Предпочтительный метод | Диагностический признак или ограничение |
|---|---|---|
| Перестройка с вовлечением трех и более хромосом | SKY | Разные участки деривативной хромосомы приобретают цвета соответствующих хромосом, что позволяет установить сложную архитектуру перестройки. |
| Неидентифицированная маркерная хромосома | SKY или M-FISH | Определяется хромосомное происхождение материала, включая фрагменты нескольких хромосом. |
| Обычная анеуплоидия или крупная структурная аномалия | Стандартное кариотипирование | Часто достаточно оценки числа, размера и морфологии хромосом; SKY требуется при неясной структуре перестройки. |
| Перицентрическая или парацентрическая инверсия | GTG-бэндинг, FISH, при необходимости секвенирование | Инверсия внутри одной хромосомы обычно сохраняет ее общий спектральный цвет и может быть не распознана методом SKY. |
| Хромосомная микроделеция | Хромосомный микроматричный анализ, MLPA или локус-специфическая FISH | Размер дефекта может быть меньше разрешающей способности SKY; для подтверждения необходим анализ на уровне микроделеций. |
| Точное определение точки разрыва или генного слияния | Таргетная FISH, ПЦР, секвенирование | SKY показывает хромосомное происхождение крупных фрагментов, но не обеспечивает нуклеотидное разрешение точки разрыва. |
Интерпретация SKY проводится на метафазных клетках и зависит от качества хромосомных препаратов и количества исследованных метафаз. Метод особенно ценен как инструмент расшифровки сложного кариотипа, а не как универсальный способ поиска любых геномных дефектов. При подозрении на субмикроскопическую потерю материала или точечное нарушение гена результаты SKY дополняют микроматричным анализом и секвенированием.