2) низкий уровень разрешения
3) неспособность детекции сбалансированных хромосомных перестроек (+)
4) неспособность выявлять анеуплоидии
Ключевое ограничение матричной сравнительной геномной гибридизации (array-CGH) связано с невозможностью выявлять сбалансированные хромосомные перестройки. Метод основан на сравнении интенсивности гибридизации ДНК пациента и контрольного образца с множеством олигонуклеотидных или клональных зондов. Поэтому он регистрирует изменения числа копий участков генома: делеции проявляются снижением, а дупликации — повышением относительного сигнала.
При реципрокной транслокации, инверсии или иной сбалансированной перестройке общий объём генетического материала не изменяется: участки лишь меняют расположение или ориентацию. Содержание ДНК в исследуемых сегментах остаётся эквивалентным контрольному, поэтому профиль array-CGH может быть нормальным. При этом клинические проявления возможны вследствие нарушения структуры гена в точке разрыва, эффекта положения или образования несбалансированного потомства; для выявления таких изменений необходимы кариотипирование, FISH или методы анализа структурных вариантов с определением точек разрыва.
В отличие от этого, array-CGH обладает высокой разрешающей способностью и выявляет субмикроскопические микроделеции и микродупликации, размер которых зависит от плотности зондов и особенностей платформы. Метод также эффективно обнаруживает большинство анеуплоидий и несбалансированных хромосомных перестроек, сопровождающихся потерей или приобретением генетического материала.
| Геномное изменение | Изменение числа копий | Выявление методом array-CGH | Предпочтительный дополнительный метод |
|---|---|---|---|
| Микроделеция | Уменьшение | Да, при размере выше порога разрешения платформы | MLPA, FISH, секвенирование при необходимости уточнения |
| Микродупликация | Увеличение | Да, один из основных показателей метода | MLPA или FISH для подтверждения |
| Моносомия или трисомия | Существенное изменение дозы хромосомного материала | Да, обычно с выраженным отклонением профиля | Кариотипирование, QF-PCR, FISH |
| Несбалансированная транслокация | Потеря и/или приобретение участков | Да, но точные точки разрыва могут быть не определены | Кариотипирование, FISH, секвенирование |
| Сбалансированная транслокация | Не изменено | Нет, если отсутствует криптическая делеция или дупликация | Кариотипирование, FISH, структурное геномное секвенирование |
| Инверсия без потери материала | Не изменено | Нет | Кариотипирование или секвенирование с анализом точек разрыва |
Таким образом, нормальный результат array-CGH не исключает сбалансированную перестройку и не заменяет цитогенетическое исследование при подозрении на транслокацию или инверсию. Выбор метода определяется предполагаемым типом геномного нарушения и клинической задачей. При врождённых пороках развития, задержке психомоторного развития и множественных аномалиях развития array-CGH часто используется как метод первой линии для поиска патогенных вариаций числа копий.