2) низкий уровень разрешения
3) неспособность выявлять анеуплоидии
4) неспособность выявлять хромосомные микродупликации
Матрицная сравнительная геномная гибридизация (aCGH) основана на сопоставлении интенсивности гибридизации ДНК пациента и контрольного образца с многочисленными геномными зондами. Метод выявляет изменения дозы генетического материала: делеции сопровождаются снижением, а дупликации — повышением соотношения сигналов. Поэтому он эффективен для диагностики субмикроскопических вариаций числа копий, а также большинства числовых хромосомных аномалий, включая анеуплоидии.
Сбалансированные хромосомные перестройки — взаимные транслокации и инверсии — не приводят к общей потере или приросту ДНК. В результате суммарная дозировка участков генома остается неизменной, и профиль сигналов aCGH обычно не отличается от нормы. Такая перестройка может иметь клиническое значение при нарушении гена в точке разрыва или формировании аномального химерного гена, однако для ее обнаружения требуются кариотипирование, FISH или методы секвенирования, ориентированные на выявление точек разрыва.
Остальные положения не являются типичными ограничениями метода: современная aCGH обладает более высоким разрешением, чем стандартное цитогенетическое исследование, и способна выявлять микродупликации при наличии соответствующего покрытия зондами и достаточного размера варианта. Чувствительность к мозаицизму зависит от доли аномальных клеток и характеристик платформы.
| Метод | Основной принцип | Наиболее информативные изменения | Ограничение |
|---|---|---|---|
| Матрицная сравнительная геномная гибридизация | Сравнение интенсивности гибридизации ДНК пациента и контроля по геномным зондам | Делеции, дупликации, микроделеции, микродупликации, анеуплоидии | Не выявляет надежно сбалансированные транслокации и инверсии |
| Кариотипирование | Микроскопический анализ метафазных хромосом | Числовые аномалии и крупные структурные перестройки | Низкое разрешение; обычно не определяет малые CNV |
| FISH | Гибридизация флуоресцентных зондов с определенными локусами | Таргетные делеции, дупликации и транслокации | Исследует только заранее выбранные участки генома |
| MLPA | Мультиплексная амплификация участков с количественной оценкой сигнала | Экзонные делеции и дупликации в конкретных генах | Не предназначена для полногеномного поиска и структурной характеристики перестроек |
| Секвенирование нового поколения | Определение последовательности ДНК и анализ глубины покрытия | Точечные варианты, малые инделы, часть CNV и структурных вариантов | Результат зависит от типа панели, алгоритмов и качества покрытия |
| Оптическое картирование или длинночтительное секвенирование | Анализ длинных молекул ДНК и их структурных связей | Сложные и сбалансированные структурные перестройки | Ограниченная доступность, высокая стоимость и необходимость специализированной интерпретации |
Таким образом, ключевой принцип aCGH — оценка дисбаланса геномного материала, а не непосредственная визуализация расположения хромосомных фрагментов. Нормальный результат исследования не исключает сбалансированную перестройку, особенно при наличии семейного анамнеза или фенотипа, указывающего на структурную аномалию. При подозрении на такой вариант необходимо дополнить обследование кариотипированием, FISH или молекулярным анализом точек разрыва.