2) выявление полиплоидии в мозаичном состоянии
3) диагностику робертсоновских транслокаций
4) детекцию кольцевых хромосом
Отмеченный вариант верен, поскольку метод массового параллельного секвенирования (MPS, или NGS) способен выявлять небольшие потери генетического материала в области хромосомных разрывов, которые не видны при стандартном кариотипировании. Сбалансированная транслокация может сохранять общий объём ДНК, однако в месте соединения фрагментов иногда формируется криптическая микроделеция размером от нескольких пар оснований до нескольких мегабаз. Такая потеря может затрагивать дозочувствительный ген и объяснять задержку развития, врождённые пороки или репродуктивные нарушения у носителя сбалансированной перестройки.
При секвенировании парные концы фрагментов ДНК, картирующиеся на разные хромосомы или в неправильной ориентации, формируют признак структурной перестройки; отдельные расщеплённые чтения могут непосредственно пересекать точку разрыва. Дополнительный анализ глубины покрытия позволяет обнаружить снижение числа копий, а сопоставление последовательностей — уточнить границы микроделеции на значительно более высоком разрешении, чем цитогенетический анализ. Поэтому MPS особенно информативен при расхождении между клиническими проявлениями и результатами кариотипирования или FISH у пациента с предположительно сбалансированной перестройкой.
| Метод или ситуация | Основной диагностический признак | Возможности и ограничения |
|---|---|---|
| Стандартное кариотипирование | Изменение числа или структуры хромосом на уровне примерно 5–10 Мб и более | Выявляет крупные транслокации, кольцевые хромосомы и полиплоидию, но может пропустить криптические микроделеции |
| FISH | Специфический сигнал ДНК-зонда в заданном локусе | Подтверждает известную перестройку или микроделецию; ограничен числом выбранных зондов и не является общегеномным исследованием |
| Хромосомный микроматричный анализ | Изменение дозы генетического материала по профилю интенсивности сигналов | Хорошо выявляет микроделеции и микродупликации, но обычно не определяет сбалансированные перестройки без потери или приобретения ДНК |
| MPS при структурной перестройке | Split-reads, discordant read pairs и локальное снижение глубины покрытия | Позволяет обнаружить и уточнить криптическую делецию в зоне разрыва, иногда до уровня отдельных нуклеотидов |
| Робертсоновская транслокация | Слияние длинных плеч акроцентрических хромосом | Надёжнее диагностируется кариотипированием и FISH; короткочтительное MPS ограничено повторяющимися центромерными последовательностями |
| Мозаичная полиплоидия | Сосуществование клеточных линий с различным набором хромосом | Требует количественной оценки доли клеток и подтверждения в нескольких метафазах или тканях; MPS не всегда позволяет уверенно отличить низкоуровневый мозаицизм от технических вариаций |
| Кольцевая хромосома | Цитогенетически замкнутая хромосома, часто с терминальными потерями | Обычно выявляется при микроскопическом исследовании и подтверждается FISH или микроматричным анализом; MPS может уточнить сопутствующие делеции, но не всегда непосредственно визуализирует кольцевую форму |
Наиболее информативен MPS в формате полногеномного или таргетного анализа с парно-концевым чтением и алгоритмами поиска структурных вариантов. Интерпретация результата должна включать оценку клинической значимости утраченного участка, расположенных в нём генов и возможного мозаицизма. При подозрении на сложную перестройку целесообразно сочетать MPS с кариотипированием, FISH или оптическим картированием генома.