2) делецию шести нуклеотидов с 112 по 117 позицию и инсерцию двух (+)
3) делецию 6 нуклеотидов со 112 по 117
4) инсерцию двух нуклеотидов со 112 по 117 позицию
Обозначение c. относится к нуклеотидной последовательности кодирующей ДНК, а координаты 112–117 считаются включительно. В данном диапазоне находятся шесть нуклеотидов: 117 − 112 + 1 = 6. Компонент delinsTG означает одновременное удаление указанного участка и его замещение последовательностью TG, состоящей из двух нуклеотидов.
Следовательно, запись описывает делецию шести нуклеотидов с 112-й по 117-ю позицию и инсерцию двух нуклеотидов TG; это соответствует отмеченному ответу. Итоговое изменение длины последовательности составляет минус четыре нуклеотида. Если вариант расположен в кодирующей области, такая потеря не кратна трём и может вызвать сдвиг рамки считывания, однако окончательное заключение о белковом эффекте требует анализа транскрипта и последующей записи на уровне белка.
В номенклатуре HGVS delins рассматривается как замена одного фрагмента другим, а не как две независимые мутации. Поэтому нельзя интерпретировать данную запись как удаление двух нуклеотидов с последующей вставкой шести или как простую делецию без учёта добавленной последовательности.
| Обозначение HGVS | Смысл записи | Изменение длины | Возможное последствие |
|---|---|---|---|
| c.112_117del | Удаление шести нуклеотидов с 112-й по 117-ю позицию включительно | −6 нуклеотидов | При расположении в CDS возможно нарушение рамки считывания, если удаление не кратно трём |
| c.111_112insTG | Вставка последовательности TG между 111-й и 112-й позициями | +2 нуклеотида | В кодирующей области обычно возможен сдвиг рамки считывания |
| c.112_117delinsTG | Удаление шести нуклеотидов и замещение их двумя нуклеотидами TG | −4 нуклеотида | Вероятен frameshift в CDS; белковый эффект уточняется отдельной аннотацией |
| c.112_114del | Удаление трёх нуклеотидов | −3 нуклеотида | Рамка считывания обычно сохраняется, возможна потеря одной аминокислоты |
| c.112_117dup | Дупликация участка с 112-й по 117-ю позицию | +6 нуклеотидов | При сохранении рамки возможна вставка двух аминокислот |
| c.112_117inv | Инверсия последовательности между 112-й и 117-й позициями | 0 нуклеотидов | Изменяется порядок оснований; последствия зависят от расположения и контрольных элементов |
| p. | Префикс белкового уровня HGVS, например для описания frameshift или потери аминокислот | Не характеризует ДНК напрямую | Используется после определения влияния нуклеотидного варианта на трансляцию |
Интерпретация записи должна выполняться относительно конкретной референсной транскриптной последовательности, поскольку координаты зависят от выбранного транскрипта. Для подтверждения варианта лабораторное заключение обычно включает указание транскрипта, геномной сборки и методики выявления. Последствия для белка описывают отдельно, например как миссенс-, нонсенс- или frameshift-вариант. Клиническая значимость определяется не только типом делинс-варианта, но и его локализацией, частотой в популяции, данными функциональных исследований и фенотипической корреляцией.