2) области акцепторного сайта сплайсинга
3) интроне
4) экзоне (+)
Обозначение c.1752C>T выполнено по правилам HGVS для кодирующей ДНК: буква c. указывает на нуклеотидную последовательность транскрипта, а нумерация начинается с нуклеотида A стартового кодона ATG, которому присваивается номер c.1. Запись означает замену цитозина на тимин в позиции 1752 кодирующей последовательности. Поскольку позиция указана непосредственно числом без смещения + или − , вариант локализован в экзонной части последовательности, содержащей кодирующий регион.
Варианты донорного и акцепторного сайтов сплайсинга обозначаются иначе: например, изменения около границы экзон–интрон записывают как c.1752+1 или c.1752+2 для первых нуклеотидов интрона после экзона и как c.1753−1 или c.1753−2 для нуклеотидов интрона перед следующим экзоном. Поэтому запись c.1752C>T сама по себе не указывает на интрон или канонический сплайсинговый сайт. Она может соответствовать синонимической, миссенс- или нонсенс-замене в зависимости от конкретного кодона и аминокислотной последовательности.
Экзонная замена не исключает влияния на сплайсинг: изменение может затрагивать экзонные энхансеры или сайленсеры сплайсинга и приводить к пропуску экзона либо нарушению включения соответствующей последовательности в зрелую мРНК. Однако для определения такого эффекта требуются анализ последовательности, оценка консервативности и предсказаний, данные о транскрипте, а при необходимости исследование РНК. Таким образом, по самой HGVS-записи локализация определяется как экзонная, а функциональный эффект устанавливается дополнительно.
| Пример записи | Локализация | Что означает | Возможное последствие |
|---|---|---|---|
| c.1752C>T | Экзон | Замена нуклеотида в кодирующей последовательности | Синонимическая, миссенс- или нонсенс-замена; иногда нарушение регуляции сплайсинга |
| c.1752+1G>A | Донорный сайт сплайсинга | Первый нуклеотид интрона сразу после экзона | Часто приводит к нарушению удаления интрона или пропуску экзона |
| c.1752+5G>A | Интрон, прилежащий к донорному сайту | Интронная позиция после границы экзон–интрон | Нарушение сплайсинга возможно, но требует оценки сохранности канонического мотива |
| c.1753−1C>T | Акцепторный сайт сплайсинга | Последний нуклеотид интрона перед следующим экзоном | Нарушение распознавания 3′-границы интрона, пропуск экзона или использование криптического сайта |
| c.1753−5A>G | Интрон, прилежащий к акцепторному сайту | Интронная позиция перед экзоном | Эффект на сплайсинг вариабелен и зависит от контекста последовательности |
| c.1752del | Экзон | Делеция нуклеотида в кодирующей последовательности | При отсутствии кратности трём возможен сдвиг рамки считывания |
| c.1752_1753dup | Экзон | Дупликация участка кодирующей последовательности | Возможны сдвиг рамки считывания, преждевременный стоп-кодон или изменение белка |
Для окончательной интерпретации варианта необходимо указывать референсный транскрипт, поскольку координаты зависят от выбранной изоформы. Белковое последствие описывают отдельно в формате HGVS на уровне белка, например p.(Arg584Ter), если оно достоверно определено. Клиническая значимость оценивается по совокупности популяционных, функциональных, семейных и клинических данных в соответствии с критериями ACMG/AMP. При подозрении на экзонное нарушение сплайсинга информативными могут быть анализ РНК и исследование минорных транскриптов.