2) специфические эпитопы
3) синонимические замены внутри кодирующего региона
4) различия в некодирующем регионе
Высокое разрешение HLA-типирования позволяет установить конкретный аллельный вариант гена, то есть определить его нуклеотидную последовательность в пределах информативных полиморфных участков. В отличие от серологического или низкоразрешающего типирования, при котором устанавливают лишь широкую антигенную группу HLA, молекулярный метод различает близкие аллели, например HLA-A*02:01 и HLA-A*02:05. На практике для этого применяют аллель-специфическую ПЦР, SSO/SSP-методы и особенно секвенирование нового поколения.
Основой метода является выраженный полиморфизм генов HLA, прежде всего экзонов, кодирующих антигенсвязывающую бороздку молекулы. Замены нуклеотидов могут изменять аминокислотную последовательность и тем самым влиять на спектр пептидов, представляемых Т-лимфоцитам, однако объектом лабораторного определения остаётся именно генетический аллель, а не отдельный эпитоп. Синонимические замены и варианты некодирующих участков могут быть выявлены при более детальном, в том числе полноэкзонном или полногенном, секвенировании, но они не являются основным критерием обычного высокоразрешающего HLA-типирования.
| Подход или уровень типирования | Что определяется | Основная характеристика | Пример применения |
|---|---|---|---|
| Серологическое типирование | Широкая антигенная группа HLA | Основано на реакции антител с антигенами клеточной поверхности | Историческая оценка совместимости донора и реципиента |
| Низкоразрешающее молекулярное типирование | Группа сходных аллелей | Не всегда различает варианты, кодирующие разные белковые последовательности | Предварительный подбор донора |
| Высокоразрешающее типирование | Конкретный аллельный вариант | Различает аллели по полиморфизмам, определяющим структуру HLA-белка | Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток |
| Аллельный результат | Запись вида HLA-A*02:01 | Первое поле обозначает группу аллелей, второе — конкретный вариант белка | Оценка генетической совместимости и риска иммунных осложнений |
| Расширенное секвенирование | Синонимические замены и дополнительные варианты последовательности | Может уточнять третье и последующие поля номенклатуры HLA | Разрешение неоднозначных результатов и научные исследования |
| Анализ эпитопов | Участки антигена, распознаваемые иммунной системой | Не является непосредственной задачей HLA-типирования | Изучение антиген-презентации и Т-клеточного ответа |
Аллельное разрешение имеет особое значение при подборе донора, поскольку даже близкие варианты HLA могут различаться по иммуногенному потенциалу. Полученные данные интерпретируют с использованием международной номенклатуры IMGT/HLA и контролей качества, учитывая фазу вариантов и возможную неоднозначность чтения. Выявление конкретных аллелей также используется при оценке генетической предрасположенности к отдельным заболеваниям и лекарственной гиперчувствительности. Поэтому правильным результатом высокоразрешающего типирования является установление аллельных вариантов генов HLA.