2) торможения гемагглютинации
3) иммуноблоттинга
4) световой микроскопии
Генотип вируса кори определяют молекулярно-генетическим методом — ОТ-ПЦР с последующим анализом амплифицированного фрагмента, чаще секвенированием. Вирус кори содержит одноцепочечную РНК отрицательной полярности, поэтому перед амплификацией РНК превращают в комплементарную ДНК с помощью обратной транскриптазы. Затем специфический участок генома, обычно фрагмент гена нуклеопротеина N, амплифицируют и сопоставляют его нуклеотидную последовательность с референсными вариантами. Для эпидемиологического надзора традиционно анализируют участок N-450, а при необходимости применяют полногеномное секвенирование.
ПЦР позволяет выявить генетический материал вируса даже при низкой концентрации возбудителя и получить данные о его генетической принадлежности. Важно различать обнаружение вируса и установление генотипа: сама амплификация подтверждает наличие РНК вируса, а генотипирование требует анализа специфических последовательностей — секвенирования либо использования валидированных генотип-специфичных праймеров. Полученные данные применяют для установления цепей передачи инфекции, выявления завозных случаев и дифференциации циркулирующего дикого вируса от вакцинного штамма.
Торможение гемагглютинации относится к серологическим реакциям и может характеризовать наличие антител, но не структуру генома вируса. Иммуноблоттинг выявляет антитела к отдельным вирусным белкам или антигенные компоненты, а световая микроскопия не позволяет определить последовательность РНК и генотип возбудителя. Поэтому среди перечисленных методов именно ПЦР соответствует принципу генетической типизации вируса кори.
| Метод | Исследуемый объект | Основной результат | Возможность определения генотипа |
|---|---|---|---|
| ОТ-ПЦР с секвенированием | РНК вируса кори в клиническом образце | Подтверждение инфекции и анализ нуклеотидной последовательности | Да; основной подход к генотипированию |
| Генотип-специфическая ПЦР | Участки генома, различающиеся у генотипов | Амплификация с праймерами, специфичными для определённого варианта | Да, при наличии валидированной панели праймеров |
| Торможение гемагглютинации | Антитела в сыворотке | Серологическая реакция взаимодействия антител с антигеном | Нет; геном вируса не исследуется |
| Иммуноблоттинг | Антитела к отдельным вирусным белкам или антигены | Профиль иммунореактивности по белковым полосам | Нет; белковый профиль не равен генотипу |
| ИФА на IgM | Специфические антитела класса IgM | Серологическое подтверждение недавней инфекции | Нет; метод не различает генетические линии вируса |
| Световая микроскопия | Клеточные изменения и морфологические структуры | Общая морфологическая оценка материала | Нет; разрешающая способность и принцип метода недостаточны |
| Полногеномное секвенирование | Полная нуклеотидная последовательность вирусного генома | Детальная характеристика генетических различий и филогенетический анализ | Да; наиболее информативно для эпидемиологических исследований |
Для молекулярного исследования используют мазки из носоглотки или ротоглотки, а также другие клинические образцы, собранные в ранние сроки заболевания. Генотипирование не заменяет серологическую диагностику: ПЦР особенно информативна в начале болезни, тогда как IgM обычно выявляются позже. Интерпретацию результатов проводят с учётом качества образца, сроков его получения и эпидемиологической ситуации. Результаты генотипирования должны сопоставляться с данными эпидемиологического расследования и национального надзора за корью.