2) только ДНК пробанда
3) только ДНК здоровых родственников
4) только ДНК пробанда и матери
Косвенная ДНК-диагностика применяется, когда патогенный вариант в гене не выявляется непосредственно или проведение прямого анализа невозможно. Метод основан на анализе полиморфных маркеров, расположенных вблизи гена заболевания, и отслеживании их совместного наследования с патологическим признаком в пределах семьи. Для этого необходимо установить, какой набор маркерных аллелей (гаплотип) связан с мутантным геном, а какой — с нормальным.
ДНК пробанда позволяет определить его маркерный профиль, но сама по себе не показывает, какой из выявленных аллелей связан с заболеванием. Исследование родителей необходимо для определения происхождения аллелей и их фазы — сочетания маркеров на одной хромосоме. Образцы больных родственников помогают установить заболевание-ассоциированный гаплотип, а здоровых — подтвердить альтернативный, не связанный с патологией, и оценить возможные рекомбинации. Поэтому наиболее информативным является исследование полного доступного семейного трио и родственников с известным клиническим статусом.
Диагностическим основанием служит совместная сегрегация маркерного гаплотипа с заболеванием в родословной. Чем ближе маркер расположен к гену, тем ниже вероятность рекомбинации между ними и тем выше точность прогноза; обычно используют несколько внутригенных или фланкирующих маркеров. При отсутствии родственников с подтверждённым заболеванием семейная фаза может остаться неустановленной, что делает результат неинформативным или существенно снижает его надёжность.
| Исследуемый материал или критерий | Роль в косвенной ДНК-диагностике | Диагностическое значение |
|---|---|---|
| Пробанд | Определение набора аллелей полиморфных маркеров | Устанавливается гаплотип, который необходимо сопоставить с семейными гаплотипами |
| Отец и мать | Определение происхождения маркерных аллелей и фазы их сочетания | Позволяет различить материнскую и отцовскую хромосомы, несущие маркер заболевания |
| Больные родственники | Выявление маркерного гаплотипа, совместно наследуемого с патологическим признаком | Формирует семейный эталон заболевания-ассоциированного гаплотипа |
| Здоровые родственники | Определение гаплотипа, не связанного с заболеванием, и контроль сегрегации | Помогает подтвердить информативность маркеров и выявить несоответствие наследования |
| Полиморфные маркеры | Микросателлиты, SNP или другие генетические варианты, сцепленные с геном болезни | Используются как косвенный указатель положения патологического аллеля |
| Совместная сегрегация | Сопоставление гаплотипов с фенотипом во всех доступных членах семьи | Поддерживает наличие связи маркера с заболеванием; расхождение может указывать на рекомбинацию |
| Рекомбинация и неинформативность | Оценка вероятности обмена участками хромосом или одинаковых маркерных профилей | Определяет ограничения метода и риск ошибочного прогноза |
В отличие от прямой диагностики, при косвенном подходе конкретная мутация может оставаться неизвестной: выявляется не сам патогенный вариант, а наследуемый вместе с ним маркерный гаплотип. Надёжность результата зависит от информативности родословной, числа и расположения маркеров, а также отсутствия рекомбинации между маркером и геном заболевания. При возможности предпочтение отдают прямому выявлению патогенного варианта, а косвенный анализ используют как самостоятельный или подтверждающий метод.