2) UAU
3) UAA (+)
4) UGA
Отмеченный вариант UAA является каноническим терминирующим кодоном матричной РНК и называется кодоном охра . Он не кодирует аминокислоту и не имеет комплементарной транспортной РНК, которая могла бы доставить аминокислоту в рибосому. При попадании UAA в активный центр рибосомы его распознают факторы терминации, после чего гидролизуется связь между полипептидом и тРНК, синтезированная белковая цепь освобождается, а рибосомный комплекс диссоциирует.
В эукариотической клетке все три стоп-кодона — UAA, UAG и UGA — распознаются фактором eRF1 при участии eRF3 и ГТФ-зависимых реакций. У прокариот UAA распознаётся факторами RF1 и RF2, что подчёркивает его функциональную значимость как универсального сигнала окончания трансляции. Поэтому UAA корректно относится к терминирующим кодонам, хотя строго с молекулярно-генетической точки зрения терминальными являются не только он, но также UAG и UGA.
Другие представленные кодоны выполняют иные функции: AUG обычно инициирует трансляцию и кодирует метионин, а UAU является смысловым кодоном тирозина. Появление UAA, UAG или UGA внутри открытой рамки считывания вследствие патогенного варианта формирует преждевременный терминирующий кодон — так называемую нонсенс-мутацию. Это может приводить к укорочению белка или к деградации дефектной матричной РНК посредством механизма nonsense-mediated decay.
| Кодон или ситуация | Классификация | Распознающий фактор | Функциональный результат | Медико-генетическое значение |
|---|---|---|---|---|
| AUG | Инициационный, смысловой | Инициаторная тРНК с метионином | Начало трансляции и включение метионина | Определяет старт открытой рамки считывания |
| UAA | Терминирующий, охра | Факторы терминации | Освобождение полипептида и завершение трансляции | При преждевременном возникновении вызывает нонсенс-эффект |
| UAG | Терминирующий, янтарный | Факторы терминации | Прекращение синтеза белка | Может быть результатом патогенного варианта с образованием стоп-кодона |
| UGA | Терминирующий, опаловый | Факторы терминации | Прекращение трансляции; в отдельных системах возможна нестандартная трактовка | Прематурный UGA часто приводит к укороченному белку |
| UAU | Смысловой кодон | Транспортная РНК тирозина | Включение тирозина в полипептид | Не завершает трансляцию |
| Стоп-кодон в конце открытой рамки | Нормальный терминальный сигнал | Факторы терминации, а не тРНК | Физиологическое окончание синтеза белка | Сохраняет полноразмерную структуру белка |
| Стоп-кодон внутри открытой рамки | Патологический преждевременный сигнал | Факторы терминации | Преждевременное прекращение трансляции или деградация мРНК | Молекулярная основа ряда наследственных заболеваний |
Выбор UAA основан на его способности непосредственно инициировать физиологическое завершение трансляции. Определение положения стоп-кодона относительно открытой рамки считывания важно при интерпретации вариантов в лабораторной генетике. Нонсенс-варианты оценивают с учётом длины сохраняющейся белковой последовательности, вероятности деградации мРНК и функциональной значимости поражённого домена. Таким образом, терминальный кодон является не просто элементом генетического кода, а ключевым сигналом контроля синтеза белка.