2) выявить носительство аутосомно-рецессивного гена
3) выявить хромосомный дисбаланс (+)
4) дать полное молекулярное описание мутаций при различных наследственных дефектах
Хромосомный микроматричный анализ основан на сравнительной гибридизации ДНК пациента с референсной ДНК на множестве молекулярных зондов. По изменению интенсивности сигнала и соотношению аллелей определяют избыток или недостаток участков генетического материала — вариации числа копий (CNV), включая микроделеции, микродупликации и анеуплоидии. Поэтому метод позволяет выявить хромосомный дисбаланс, в том числе субмикроскопические изменения, которые могут быть недоступны стандартному цитогенетическому исследованию.
Микроматричный анализ не дает полноценного описания кариотипа: он не предназначен для надежного выявления сбалансированных транслокаций и инверсий, при которых количество ДНК не изменяется. Он также не выявляет большинство точечных вариантов и небольших инделей, ответственных за моногенные заболевания, поэтому не заменяет секвенирование. Носительство патогенного варианта аутосомно-рецессивного гена устанавливают преимущественно методом целевого анализа, панели генов или секвенирования экзома/генома.
| Метод | Основной диагностический результат | Типичные выявляемые изменения | Ключевые ограничения |
|---|---|---|---|
| Хромосомный микроматричный анализ | Оценка дозы генетического материала | Микроделеции, микродупликации, анеуплоидии, крупные CNV | Не выявляет большинство сбалансированных перестроек и точечных мутаций |
| SNP-микроматрица | Оценка числа копий и аллельного состава | CNV, участки потери гетерозиготности, некоторые варианты однородительской дисомии | Не позволяет полноценно установить нуклеотидную последовательность гена |
| Кариотипирование | Микроскопическая оценка числа и структуры хромосом | Анеуплоидии, крупные делеции, дупликации, транслокации и инверсии | Низкое разрешение; малые CNV могут оставаться нераспознанными |
| FISH | Адресная визуализация определенного локуса или хромосомы | Известные микроделеции, амплификации, отдельные транслокации, мозаицизм | Исследует только заранее выбранные участки |
| MLPA или количественная ПЦР | Таргетная оценка числа копий отдельных экзонов или генов | Делеции и дупликации в конкретном гене или локусе | Не предназначены для поиска геномных нарушений без предполагаемого локуса |
| Панель генов, экзомное или геномное секвенирование | Анализ нуклеотидной последовательности | Точечные варианты, небольшие вставки и делеции, часть структурных вариантов | Интерпретация зависит от качества покрытия и клинической значимости варианта |
| Исследование носительства аутосомно-рецессивных заболеваний | Поиск патогенного варианта в конкретном гене | Гетерозиготные варианты, связанные с риском рождения больного потомства | Обычно требует секвенирования и/или подтверждающего таргетного теста, а не микроматрицы |
Клиническая значимость обнаруженного дисбаланса определяется размером и локализацией CNV, вовлеченными генами, механизмом наследования и соответствием фенотипу пациента. Результат микроматричного анализа обычно классифицируют как патогенный, вероятно патогенный, вариант неопределенного клинического значения, вероятно доброкачественный или доброкачественный. Для интерпретации могут потребоваться исследование родителей, консультация медицинского генетика и подтверждение другим методом.