2) бычий сывороточный альбумин (+)
3) анион пирофосфорной кислоты (P2O52-)
4) рибосома со вспомогательными белками
Бычий сывороточный альбумин (BSA) может входить в состав реакционной смеси для ПЦР как вспомогательный компонент. Он стабилизирует термостабильную ДНК-полимеразу, уменьшает её неспецифическую адсорбцию на стенках пробирки и частично связывает ингибиторы амплификации, присутствующие в биологическом материале, например гемоглобин, полифенолы и некоторые компоненты тканевых экстрактов. Добавление BSA особенно полезно при исследовании образцов с высоким содержанием потенциальных ингибиторов или при работе с низкими концентрациями матричной ДНК.
Основными обязательными компонентами ПЦР являются матричная ДНК, праймеры, дезоксинуклеозидтрифосфаты, ионы магния, буфер и термостабильная ДНК-полимераза. Дезоксирибонуклеаза, даже термостабильная, не участвует в синтезе ампликона и способна разрушать матричную ДНК. Пирофосфат образуется как побочный продукт присоединения каждого дНТФ, а рибосомы и связанные с ними белки необходимы для трансляции, но не для амплификации нуклеиновых кислот.
| Компонент | Функция в ПЦР | Оценка |
|---|---|---|
| Термостабильная ДНК-полимераза | Синтезирует комплементарную цепь ДНК в циклах денатурации, отжига и элонгации | Обязательный компонент |
| Праймеры | Определяют границы амплифицируемого фрагмента и предоставляют свободный 3′-ОН-конец для синтеза | Обязательные компоненты |
| Дезоксинуклеозидтрифосфаты | Являются субстратами для построения новой цепи ДНК | Обязательные компоненты |
| Ионы Mg2+ | Кофактор полимеразы; участвуют в связывании дНТФ и катализе фосфодиэфирной связи | Обязательный компонент в оптимальной концентрации |
| Бычий сывороточный альбумин | Стабилизирует фермент и связывает часть ингибиторов реакции | Дополнительный компонент; может входить в смесь |
| Дезоксирибонуклеаза | Гидролизует ДНК и снижает количество матрицы | Не входит в стандартную ПЦР-смесь |
| Рибосома со вспомогательными белками | Обеспечивает синтез белка на матричной РНК | Не участвует в ПЦР |
Таким образом, BSA является допустимой добавкой, повышающей устойчивость и эффективность ПЦР в сложных образцах. Его наличие не заменяет обязательные компоненты реакции и не определяет сам процесс амплификации. При выборе состава смеси учитывают тип образца, предполагаемую концентрацию ингибиторов и характеристики используемой ДНК-полимеразы.