2) версию сборки генома; хромосомный регион; координаты хромосомного нарушения в нуклеотидах; число копий региона с хромосомным нарушением; информацию о наследовании или de novo происхождении мутации (+)
3) хромосомный регион; координаты хромосомного нарушения в нуклеотидах и уровень разрешения микроматрицы в данном хромосомном регионе; число копий региона с хромосомным нарушением; информацию о наследовании или de novo происхождении мутации
4) информацию о производителе микрочипа и уровне разрешения микроматрицы; версию сборки генома, координаты хромосомного нарушения в нуклеотидах; число копий региона с хромосомным нарушением; информацию о наследовании или de novo происхождении мутации
При оформлении результата aCGH ключевым является однозначное описание варианта числа копий (CNV) относительно конкретной референсной сборки генома. Поэтому запись должна содержать обозначение хромосомного региона, точные нуклеотидные координаты границ дисбаланса, число копий участка и сведения о его происхождении — наследованном или возникшем de novo. Версия сборки, например GRCh37 или GRCh38, обязательна, поскольку одни и те же координаты в разных сборках могут соответствовать различным участкам генома.
Типичная структура записи может выглядеть как arr[GRCh38] 15q11.2(23xxxxxx_24xxxxxx)x1 dn, где arr указывает на результат анализа микроматрицей, GRCh38 — на сборку генома, координаты — на границы CNV, x1 — на одну копию вместо обычных двух, а dn — на de novo-происхождение. При дупликации обычно указывают x3; при мозаицизме могут применяться обозначения, отражающие наличие нескольких клеточных линий и различное число копий. Статус наследования устанавливают только при исследовании родителей и не должны обозначать как de novo без соответствующего подтверждения.
Сведения о производителе микрочипа, типе платформы и аналитическом разрешении важны для воспроизводимости исследования и обычно приводятся в методической части лабораторного заключения, но не заменяют обязательные элементы международной записи. Указание только разрешения микроматрицы не позволяет точно локализовать CNV, а отсутствие сборки делает координаты неоднозначными. Поэтому правильным является вариант 2: он включает все компоненты стандартизированной характеристики выявленного хромосомного дисбаланса.
| Элемент записи | Пример обозначения | Диагностическое значение |
|---|---|---|
| Метод исследования | arr | Показывает, что CNV выявлен методом сравнительной геномной гибридизации на микроматрице. |
| Референсная сборка генома | GRCh37, GRCh38 | Обеспечивает корректную интерпретацию нуклеотидных координат и сопоставимость результатов разных лабораторий. |
| Хромосомный регион | 15q11.2 | Отражает цитогенетическую локализацию CNV и помогает связать дисбаланс с известными синдромами. |
| Границы CNV | (start_end) | Позволяют определить точный участок генома, затронутые гены и участки дозочувствительности. |
| Число копий | x1, x3, x2~x3 | x1 соответствует делеции, x3 — дупликации, а смешанное обозначение может указывать на мозаицизм. |
| Происхождение варианта | dn, mat, pat | Различает de novo-, материнское и отцовское происхождение; имеет существенное значение для оценки риска повторения. |
| Параметры платформы | Производитель, модель, плотность зондов, порог разрешения | Характеризуют аналитические возможности метода и приводятся в описании исследования, но не являются заменой основным элементам ISCN-записи. |
Клиническая значимость CNV определяется не только размером дисбаланса, но и содержанием генов, известной дозочувствительностью, соответствием фенотипу и результатами анализа родителей. Для подтверждения клинически значимого результата могут использоваться FISH, MLPA, количественная ПЦР или другой независимый метод. aCGH хорошо выявляет несбалансированные изменения числа копий, но не предназначен для надежного обнаружения сбалансированных транслокаций, инверсий и большинства точечных вариантов.