2) трансверсией
3) делецией (+)
4) транзицией
Делеция — это мутационное изменение, при котором из последовательности ДНК выпадает один или несколько нуклеотидов либо более протяжённый фрагмент. Поэтому именно этот термин соответствует утрате нуклеотидных позиций. Варианты с заменой одного основания на другое относятся к транзициям или трансверсиям, а присоединение дополнительного фрагмента обозначают как инсерцию.
Последствия делеции зависят от её размера и расположения. В кодирующей последовательности потеря числа нуклеотидов, не кратного трём, вызывает сдвиг рамки считывания (frameshift), что изменяет состав всех последующих кодонов и может привести к преждевременному появлению стоп-кодона. Если удалено число нуклеотидов, кратное трём, рамка считывания сохраняется, но из белка исключаются одна или несколько аминокислот. В молекулярно-генетической диагностике делецию выявляют сравнением исследуемой последовательности с референсной; в номенклатуре HGVS её обозначают сокращением del.
| Тип варианта | Молекулярная сущность | Изменение последовательности | Типичные последствия |
|---|---|---|---|
| Делеция | Удаление нуклеотида или участка ДНК | Последовательность становится короче | Сдвиг рамки считывания или потеря аминокислот; обозначение HGVS — del |
| Инсерция | Добавление одного или нескольких нуклеотидов | Последовательность становится длиннее | При некратном трём числе вставленных нуклеотидов возможен сдвиг рамки считывания; обозначение — ins |
| Транзиция | Замена пуринового основания на пуриновое или пиримидинового на пиримидиновое | A↔G или C↔T | Это точечная замена, а не утрата или добавление нуклеотидов |
| Трансверсия | Замена пурина на пиримидин либо пиримидина на пурин | A или G ↔ C или T | Точечная замена с возможным изменением кодона и свойств белка |
| Делеция с сохранением рамки | Удаление трёх или кратного трём числа нуклеотидов в кодирующей области | Число удалённых оснований кратно 3 | Исключаются одна или несколько аминокислот без общего сдвига рамки |
| Делеция со сдвигом рамки | Удаление числа нуклеотидов, не кратного трём | Изменяется группировка последующих нуклеотидов по три | Формируется изменённый белковый фрагмент и часто преждевременный стоп-кодон |
В судебно-медицинской молекулярно-генетической экспертизе небольшие делеции могут изменять длину аллеля в участках коротких тандемных повторов и учитываются при сравнении генетических профилей. Для подтверждения варианта оценивают границы утраченного фрагмента, его размер, зиготность и соответствие референсной последовательности. Биологическое значение делеции устанавливают с учётом локализации, типа генетического участка и влияния на экспрессию или структуру белка. Следовательно, ключевым диагностическим признаком является отсутствие нуклеотидов в исследуемой последовательности, а не их замена или присоединение.