2) стадией ВИЧ-инфекции
3) недостаточностью лечения
4) возможностью двойного заражения при совместной циркуляции подтипов (+)
Формирование рекомбинантных ВИЧ связано с заражением одной клетки двумя генетически различающимися вариантами вируса, например разными подтипами. Вирион ВИЧ содержит две копии РНК, а вирусная обратная транскриптаза во время синтеза провирусной ДНК способна переключаться между матрицами. В результате возникает мозаичный геном, сочетающий участки обоих исходных вариантов; если такой вирус сохраняет жизнеспособность и распространяется среди людей, он может сформировать циркулирующую рекомбинантную форму (CRF).
Двойное инфицирование возможно при одновременном заражении разными штаммами или при последовательном заражении уже инфицированного человека новым вариантом — суперинфекции. Вероятность этого повышается при совместной циркуляции нескольких подтипов и наличии эпидемиологических условий для повторных контактов с различными источниками инфекции. Резистентность, стадия ВИЧ-инфекции и недостаточность антиретровирусной терапии не являются непосредственным механизмом рекомбинации, хотя неэффективное лечение может способствовать сохранению высокой вирусной нагрузки и отбору отдельных рекомбинантных вариантов.
| Ситуация | Механизм | Вирусологическое значение |
|---|---|---|
| Моноинфекция одним вариантом ВИЧ | В клетку преимущественно проникает один генетически близкий вариант | Рекомбинация между существенно различающимися подтипами маловероятна |
| Коинфекция | Одновременное заражение двумя вариантами ВИЧ | Создаются условия для обмена генетическим материалом в одной инфицированной клетке |
| Суперинфекция | Повторное заражение новым вариантом после установления первичной инфекции | Возможно появление рекомбинантов и изменение вирусной популяции |
| Рекомбинация внутри одного подтипа | Переключение обратной транскриптазы между близкими геномами | Формируется внутриподтиповый вариант с ограниченными генетическими различиями |
| Рекомбинация между подтипами | Объединение фрагментов геномов, относящихся к разным подтипам | Может возникнуть межподтиповый мозаичный вирус с особенностями тропизма, репликации или лекарственной чувствительности |
| Циркулирующая рекомбинантная форма (CRF) | Рекомбинант выявляется у нескольких эпидемиологически не связанных лиц | Считается устойчивой линией, распространяющейся в популяции |
| Уникальная рекомбинантная форма (URF) | Мозаичный геном обнаружен у одного пациента или в ограниченной цепи передачи | Не имеет подтвержденного широкого эпидемиологического распространения |
Рекомбинантный геном выявляют с помощью генотипирования и анализа нуклеотидной последовательности различных участков ВИЧ, поскольку тестирование только на антитела не позволяет определить его структуру. Для подтверждения мозаичности применяют филогенетический анализ и методы выявления точек рекомбинации. Клиническое значение рекомбинантов связано с возможным изменением лекарственной устойчивости, скорости репликации и эффективности молекулярной диагностики. Поддержание устойчивой вирусологической супрессии при антиретровирусной терапии снижает вероятность передачи и последующего формирования новых рекомбинантных вариантов.