2) одноцепочечной РНК (+)
3) двухцепочечными РНК
4) двухцепочечными ДНК
Геном вируса гепатита C представлен линейной одноцепочечной РНК положительной полярности, то есть РНК (+). Такая молекула непосредственно выполняет функцию матричной РНК в цитоплазме инфицированной клетки. Геном имеет длину около 9,6 тыс. нуклеотидов и содержит одну открытую рамку считывания, с которой синтезируется единый полипротеин; затем он расщепляется на структурные и неструктурные белки вируса.
Трансляция вирусной РНК начинается при участии внутреннего участка посадки рибосомы — IRES, расположенного в 5’-нетранслируемой области. Репликация происходит в цитоплазме через промежуточную отрицательную цепь РНК, которую синтезирует вирусная РНК-зависимая РНК-полимераза NS5B; стабильной ДНК-фазы в жизненном цикле вируса нет. Именно поэтому для подтверждения активной инфекции выявляют РНК HCV методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции, а не ДНК вируса.
Генетическая вариабельность HCV обусловлена недостаточной точностью NS5B и приводит к формированию генотипов и квазивидов. Это имеет эпидемиологическое и историческое значение для выбора схем терапии, хотя современные прямые противовирусные препараты преимущественно применяются по пангенотипическому принципу. Обнаружение антител к HCV свидетельствует о контакте с вирусом, но не позволяет самостоятельно отличить активную инфекцию от перенесённой; критерием текущей репликации служит обнаружение HCV RNA.
| Признак | Характеристика HCV | Диагностическое или биологическое значение |
|---|---|---|
| Тип генома | Одноцепочечная РНК положительной полярности | Вирусная РНК может непосредственно использоваться для синтеза белка |
| Организация генома | Одна открытая рамка считывания, фланкированная нетранслируемыми областями 5’ и 3’ | Обеспечивает синтез единого полипротеина и последующее протеолитическое процессирование |
| Структурные белки | Core и гликопротеины оболочки E1/E2 | Формируют нуклеокапсид и участвуют в прикреплении и проникновении вируса в клетку |
| Неструктурные белки | NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A, NS5B | Участвуют в процессинге полипротеина, формировании репликационного комплекса и сборке вирионов |
| Репликация | Цитоплазматическая, с участием РНК-зависимой РНК-полимеразы NS5B | Промежуточная отрицательная РНК образуется временно; интеграции в геном человека не происходит |
| Основной метод выявления активной инфекции | Обнаружение и количественная оценка HCV RNA методом ОТ-ПЦР | Подтверждает наличие текущей вирусной репликации и позволяет контролировать ответ на лечение |
| Серологический маркер | Антитела anti-HCV | Показывают факт инфицирования или контакта, но сами по себе не подтверждают активный гепатит C |
Положительная полярность РНК определяет ранний этап инфекции: после высвобождения генома в цитоплазме начинается его трансляция. Отсутствие обратной транскрипции отличает HCV от ретровирусов, для которых характерна ДНК-фаза. Персистенция вирусной РНК и высокая изменчивость генома способствуют хронизации инфекции и уклонению от иммунного ответа. Современная терапия направлена на белки репликационного комплекса и позволяет добиться устойчивого вирусологического ответа у большинства пациентов.