2) не применяют лабораторные методы
3) используется иммуноферментный анализ
4) используется метод прямого секвенирования VP4 и/или VP7 участков генома (+)
Идентичность изолятов ротавируса при групповой заболеваемости устанавливают методами молекулярно-генетического типирования. Наиболее информативно прямое секвенирование участков генома, кодирующих белки наружного капсида VP7 и VP4, с последующим сравнением нуклеотидных последовательностей между образцами. Белок VP7 определяет G-генотип, а VP4 — P-генотип ротавируса; сочетание этих характеристик позволяет оценить близость штаммов и выявить общий источник или цепь передачи инфекции.
Секвенирование позволяет обнаружить не только принадлежность вируса к ротавирусам, но и генетические различия между изолятами, включая единичные нуклеотидные замены. При совпадении или выраженной филогенетической близости последовательностей VP4 и/или VP7 изоляты могут рассматриваться как эпидемиологически связанные, хотя окончательная оценка учитывает сроки, территорию и обстоятельства возникновения случаев. Иммуноферментный анализ выявляет ротавирусный антиген и подтверждает инфекцию, но обычно не обладает достаточным разрешением для идентификации конкретного штамма.
| Метод или маркер | Что определяется | Значение для расследования очага |
|---|---|---|
| Иммуноферментный анализ | Наличие ротавирусного антигена в клиническом материале | Подтверждает инфекцию, но не устанавливает генетическую идентичность изолятов |
| ОТ-ПЦР | РНК ротавируса и, при использовании типоспецифичных праймеров, предполагаемый генотип | Повышает чувствительность диагностики и позволяет отобрать материал для дальнейшего секвенирования |
| Секвенирование VP7 | Нуклеотидная последовательность гликопротеина VP7; G-генотип | Позволяет сравнить изоляты по одному из основных антигенных и генетических маркеров |
| Секвенирование VP4 | Нуклеотидная последовательность белка VP4; P-генотип | Дополняет характеристику штамма и повышает точность эпидемиологического типирования |
| Совместимый профиль G/P | Сочетание генотипов VP7 и VP4 | Более точно различает циркулирующие варианты вируса и помогает выявить общий кластер |
| Филогенетический анализ | Степень родства последовательностей и их распределение в генетическом кластере | Оценивает эпидемиологическую связанность изолятов, но не заменяет анализ временных и контактных данных |
| Изучение биологических свойств | Репродукция, цитопатический эффект и другие фенотипические характеристики | Имеет ограниченную воспроизводимость и недостаточную дискриминирующую способность для идентификации штаммов в очаге |
Таким образом, ключевым критерием идентичности является сходство генетических последовательностей, а не только наличие общего вирусного антигена. Для ротавирусов особенно важна характеристика генов VP7 и VP4, поскольку она отражает принятую систему G- и P-типирования. Результаты секвенирования интерпретируют совместно с эпидемиологическими данными и качеством полученных последовательностей.