2) выше среди потребителей наркотиков
3) не различается между группами риска заражения
4) зависит от подтипа ВИЧ
Естественная дивергенция ВИЧ отражает накопление и закрепление нуклеотидных замен в циркулирующей вирусной популяции с течением времени. При относительно медленном гетеросексуальном распространении передача инфекции чаще происходит после продолжительного пребывания вируса в организме источника. За этот период квазивидовая популяция ВИЧ подвергается воздействию гуморального и клеточного иммунитета, вследствие чего отбираются генетически изменённые варианты, часть которых передаётся следующему хозяину.
В эпидемических сетях потребителей инъекционных наркотиков вирус может быстро передаваться последовательно нескольким лицам, нередко в ранней фазе инфекции. На этом этапе влияние адаптивного иммунного отбора ещё ограничено, поэтому в цепь передачи включаются генетически близкие варианты, а сформировавшиеся кластеры длительно сохраняют высокую гомологичность. В молекулярно-эпидемиологическом исследовании скорость эволюции ВИЧ-1 субтипа A1 при быстром распространении среди потребителей инъекционных наркотиков была в 8,4 раза ниже, чем при медленном гетеросексуальном распространении; смешанные эпидемии занимали промежуточное положение.
Следовательно, отмеченная закономерность связана не с повышенной точностью репликации вируса при парентеральном заражении, а с темпом эпидемического процесса и стадией инфекции, на которой происходит передача. Чем быстрее сменяются хозяева, тем меньше времени остаётся для внутриклеточной эволюции, иммунного отбора и накопления фиксируемых замен на популяционном уровне.
| Сравниваемый признак | Преимущественно гетеросексуальная эпидемия | Быстрая эпидемия среди потребителей инъекционных наркотиков |
|---|---|---|
| Темп распространения | Относительно медленное формирование новых цепей передачи | Быстрое распространение внутри тесно связанной контактной сети |
| Типичное время передачи | Чаще после периода внутригоспитальной эволюции вируса у источника | Нередко во время ранней, высоковиремической фазы инфекции |
| Продолжительность иммунного отбора | Более длительная, с накоплением адаптивных изменений | Ограниченная из-за быстрой смены хозяев |
| Генетическая структура популяции | Выраженная дивергенция и формирование более длинных ветвей филогенетического дерева | Компактные кластеры генетически близких последовательностей |
| Популяционная скорость эволюции | Относительно высокая | Относительно низкая при быстром росте эпидемии |
| Смешанная эпидемия | Характеризуется промежуточной скоростью дивергенции, отражающей сочетание медленных и быстрых цепей передачи | |
| Роль субтипа ВИЧ | Субтип и участок генома могут влиять на расчётную скорость замен, однако рассматриваемая закономерность определяется прежде всего динамикой передачи | |
Скорость дивергенции следует отличать от частоты мутаций обратной транскриптазы у отдельного вируса. Это популяционный показатель, зависящий от эпидемического роста, длительности инфекции у источников, трансмиссионного бутылочного горлышка и направленности естественного отбора. По мере замедления первоначально бурной вспышки среди потребителей инъекционных наркотиков скорость накопления различий может возрастать и приближаться к показателям сексуально распространяющейся эпидемии. Поэтому путь заражения служит преимущественно маркером структуры и темпа передачи, а не самостоятельным неизменным фактором молекулярной эволюции ВИЧ.