2) Haarlem
3) Ural
4) Beijing (+)
Доминирующим генотипом Mycobacterium tuberculosis на территории России считается семейство Beijing, относящееся преимущественно к филогенетической линии 2. Его широкое распространение связано с высокой эпидемической успешностью отдельных клонов: эффективной передачей инфекции, способностью длительно сохраняться в популяции и формировать устойчивость к противотуберкулёзным препаратам. Доля Beijing особенно значима среди изолятов, ассоциированных с лекарственно-устойчивым туберкулёзом, однако принадлежность к этому генотипу сама по себе не является доказательством наличия резистентности.
Генотипирование проводят методами сполиготипирования, анализа VNTR/MIRU-локусов и полногеномного секвенирования. Для классического Beijing характерна утрата спейсеров 1–34 в дистальном участке прямых повторов (DR-региона) при сохранении спейсеров 35–43; дополнительно оценивают профиль вставочных последовательностей IS6110 и набор специфических SNP. Эти признаки позволяют отличать Beijing от других распространённых семейств и отслеживать цепи передачи инфекции.
LAM, Haarlem и Ural также выявляются в России и относятся преимущественно к линии 4, но в совокупности не рассматриваются как доминирующий общеРоссийский генотип. Определение генотипа имеет прежде всего эпидемиологическое значение: оно помогает установить возможное родство штаммов, выявить вспышки и оценить распространение устойчивых клонов. Решение о схеме лечения основывается не на генотипе, а на результатах молекулярных тестов и культурального определения лекарственной чувствительности.
| Семейство/линия | Основные молекулярные особенности | Эпидемиологическая характеристика | Практическое значение |
|---|---|---|---|
| Beijing, линия 2 | Типичное отсутствие спейсеров 1–34 в DR-регионе; характерные профили IS6110 и SNP | Наиболее распространённое семейство в России; отдельные клоны обладают высокой трансмиссивностью | Часто выявляется в очагах лекарственно-устойчивого туберкулёза; требует эпидемиологического мониторинга |
| LAM, преимущественно линия 4 | Сполиготипические профили семейства Latin American–Mediterranean | Встречается в различных регионах, но не является доминирующим семейством в России | Используется для молекулярно-эпидемиологического сравнения изолятов |
| Haarlem, линия 4 | Специфический профиль сполиготипирования и VNTR/MIRU-маркеров | Распространён в отдельных популяциях и очагах, однако уступает Beijing по общеРоссийской представленности | Помогает установить принадлежность штаммов к одной эпидемиологической группе |
| Ural, линия 4 | Группа родственных штаммов, выделяемая по комбинации спейсеров и VNTR-локусов | Регионально значим, но не считается доминирующим генотипом страны в целом | Может использоваться для анализа локальных цепей передачи инфекции |
| Сполиготипирование | Определение наличия или отсутствия участков DR-региона по гибридизации или ПЦР | Позволяет быстро отнести изолят к крупному генотипическому семейству | Недостаточно для полной оценки генетического родства близких штаммов |
| VNTR/MIRU и полногеномное секвенирование | Анализ вариабельных тандемных повторов либо полного набора геномных вариантов | Обеспечивает более высокое разрешение при расследовании вспышек | Не заменяет тестирование лекарственной чувствительности, но уточняет происхождение и передачу штамма |
Таким образом, выбор Beijing отражает современную молекулярно-эпидемиологическую характеристику туберкулёзной инфекции в России. Генотипирование особенно важно при анализе внутрибольничных и семейных очагов, а также при подозрении на распространение лекарственно-устойчивого клона. При этом клиническое течение, прогноз и терапия определяются совокупностью данных: локализацией процесса, бактериовыделением, состоянием пациента и профилем лекарственной чувствительности.