2) начального
3) второго
4) третьего (+)
Генотипирование изолятов микобактерий туберкулёза относится к функциям бактериологических лабораторий третьего уровня, выполняющих роль референсных центров. Исследование проводят на выделенной чистой культуре после подтверждения принадлежности микроорганизма к комплексу Mycobacterium tuberculosis. Для определения генетического профиля могут использоваться сполиготипирование, MIRU-VNTR-анализ, секвенирование отдельных участков генома или полногеномное секвенирование.
Генотипирование не заменяет видовую идентификацию и тестирование лекарственной чувствительности. Его основная цель — установить генетическое родство изолятов, выявить цепи передачи инфекции, внутрибольничные или территориальные вспышки, а также различить рецидив заболевания вследствие реактивации прежнего штамма и повторное заражение новым штаммом. Выполнение таких исследований требует специализированного оборудования, подготовленного персонала, стандартизованных методик, контроля качества и сопоставления результатов с региональными или Федеральными базами данных, что характерно именно для третьего уровня.
| Уровень лаборатории | Основные задачи | Примеры исследований | Значение для генотипирования |
|---|---|---|---|
| Первый | Приём и первичная обработка диагностического материала, выполнение базовых исследований | Микроскопия мазка, подготовка материала к посеву, направление образцов | Генотипирование не проводится; обеспечивается правильный забор, маркировка и транспортировка |
| Второй | Культуральная диагностика и стандартная лабораторная идентификация микобактерий | Посев, выделение культуры, подтверждение принадлежности к комплексу M. tuberculosis, тестирование лекарственной чувствительности | Изолят может быть подготовлен и направлен в лабораторию третьего уровня |
| Третий | Сложные специализированные и референсные исследования, эпидемиологический анализ | Генотипирование, расширенное молекулярно-генетическое исследование, полногеномное секвенирование | Определяются генетический профиль штамма и степень родства изолятов |
| Сполиготипирование | Анализ вариабельных участков локуса DR | Определение характерного набора сохранённых и отсутствующих спейсеров | Используется для типирования и предварительного установления принадлежности к генетической линии |
| MIRU-VNTR-анализ | Определение числа тандемных повторов в наборе локусов | Формирование многолокусного генотипа изолята | Позволяет сравнивать штаммы и выявлять вероятные эпидемиологические связи |
| Полногеномное секвенирование | Сравнение нуклеотидных последовательностей геномов изолятов | Оценка однонуклеотидных различий, мутаций лекарственной устойчивости и филогенетического родства | Наиболее детальный подход для расследования вспышек и анализа передачи инфекции |
Результат генотипирования интерпретируют совместно с клиническими, эпидемиологическими и культуральными данными. Генетическое сходство изолятов поддерживает гипотезу общего источника или недавней передачи, но само по себе не доказывает направление заражения. Для эпидемиологически значимых выводов необходимы стандартизованные протоколы, контроль контаминации и сопоставление с данными о времени и месте выявления случаев.