1) выявление уникальных или низкокопийных последовательностей хромосом (+)
2) выявление числовых нарушений хромосом в интерфазных ядрах
3) выявление неоцентромерных регионов в сверхчисленных малых маркерных хромосомах
4) диагностика хромосомных инверсий