2) содержит информацию о клинически значимых вариантах (+)
3) содержит информацию о последовательностях и рабочих проектах сборок для большой коллекции геномов
4) является совокупностью баз данных, содержащих локус-специфичные варианты
ClinVar — общедоступный архив вариантов генома человека и экспертных заключений об их связи с заболеваниями или другими клиническими фенотипами. Поэтому правильным является утверждение о наличии в базе информации о клинически значимых вариантах. Для каждого варианта могут быть представлены нуклеотидное изменение, координаты, идентификаторы, связанный фенотип, классификация и сведения об организации, предоставившей заключение.
Клиническая интерпретация в ClinVar основана на совокупности доказательств: результатах функциональных исследований, данных о сегрегации в семье, частоте варианта в популяции, наблюдении у пациентов, соответствии механизму заболевания и оценке по критериям ACMG/AMP. Варианты могут классифицироваться как патогенные, вероятно патогенные, варианты неопределённого клинического значения, вероятно доброкачественные или доброкачественные. Степень согласованности и качество экспертной оценки отражаются статусом пересмотра, включая звёздочную систему.
ClinVar не предназначен для регистрации абсолютно всех обнаруживаемых SNP и indel безотносительно к клинической интерпретации: сведения поступают преимущественно о вариантах, для которых имеются медицинские или исследовательские утверждения. База также не является каталогом последовательностей и рабочих проектов сборок геномов и не представляет собой простую совокупность локус-специфичных баз данных, хотя может интегрировать данные, поступающие от лабораторий, экспертных групп и специализированных ресурсов.
| Ресурс или категория | Основное содержание | Клиническое назначение | Ключевое отличие от ClinVar |
|---|---|---|---|
| ClinVar | Клинические интерпретации генетических вариантов и их связь с фенотипами | Оценка патогенности и поддержка интерпретации результатов генетического тестирования | Фокусируется на медицинских утверждениях и уровне доказательности |
| dbSNP | Каталог однонуклеотидных вариантов и коротких вариантов вставок/делеций | Идентификация и унификация вариантов, популяционные и исследовательские анализы | Наличие варианта в dbSNP само по себе не означает клинической значимости |
| gnomAD | Частоты вариантов в популяционных выборках | Оценка редкости варианта и исключение частых изменений как причины редкого заболевания | Предоставляет преимущественно популяционные, а не итоговые клинические классификации |
| RefSeq и GenBank | Референсные и депонированные нуклеотидные последовательности | Выравнивание, аннотация генов и описание транскриптов | Ориентированы на последовательности, а не на доказательства патогенности вариантов |
| Локус-специфичные базы данных | Варианты и фенотипы, относящиеся к определённому гену или локусу | Детальная экспертная оценка отдельных наследственных заболеваний | Ограничены конкретным локусом; ClinVar агрегирует клинические представления из разных источников |
| Классификация ACMG/AMP | Система категорий патогенности на основе стандартизированных критериев | Единообразная интерпретация варианта в диагностике наследственных болезней | Это метод оценки доказательств, а не самостоятельная база данных |
| Статус пересмотра в ClinVar | Количество звёзд , экспертное подтверждение и согласованность представленных заключений | Определение надёжности клинической интерпретации | Позволяет учитывать различия между независимыми лабораторными оценками |
Запись в ClinVar не должна рассматриваться изолированно от клинической картины, родословной и лабораторных данных пациента. При расхождении заключений необходимо учитывать дату оценки, применённые критерии и наличие экспертной панели. Вариант неопределённого значения не подтверждает и не исключает диагноз и обычно не используется как самостоятельное основание для клинических решений. Окончательная интерпретация должна соответствовать актуальным рекомендациям ACMG/AMP и стандартам клинико-лабораторной диагностики.