2) является централизованной платформой для визуального изображения структуры доменов, пост-трансляционных модификаций и сетевых взаимодействий
3) содержит информацию о любых вариантах SNP и indel
4) содержит информацию о клинически значимых вариантах (+)
Human Gene Mutation Database (HGMD) — специализированный ресурс, содержащий сведения о вариантах генов человека, опубликованных в научной литературе в связи с наследственными заболеваниями. В него включают прежде всего клинически значимые варианты: патогенные и вероятно патогенные изменения, а также варианты, для которых описана ассоциация с заболеванием или подтвержден функциональный эффект. Поэтому правильным является утверждение о наличии в HGMD информации о клинически значимых вариантах.
HGMD не представляет собой каталог всех обнаруженных однонуклеотидных вариантов (SNP) и вставок/делеций (indel). В базу попадают варианты, имеющие документированную связь с заболеванием, функциональными нарушениями или соответствующими клиническими наблюдениями. При этом наличие варианта в HGMD не заменяет самостоятельную клиническую интерпретацию: необходимо учитывать тип наследования, фенотип пациента, популяционную частоту, результаты функциональных исследований, сегрегацию в семье и критерии классификации ACMG/AMP.
От локус-специфичных баз данных HGMD отличается более широким охватом генов и заболеваний, а от универсальных ресурсов вариантов — акцентом на медицински значимые публикации. Информация HGMD особенно полезна при поиске ранее описанных мутаций, сопоставлении выявленного варианта с фенотипом и оценке его потенциальной роли в патогенезе наследственного заболевания.
| Категория варианта или ресурса | Основное содержание | Клиническое значение |
|---|---|---|
| Патогенный вариант | Вариант с убедительными доказательствами причинной связи с заболеванием | Может использоваться как значимый аргумент при молекулярно-генетической диагностике |
| Вероятно патогенный вариант | Изменение с высокой, но не абсолютной вероятностью заболевания | Интерпретируется совместно с фенотипом, семейными данными и другими критериями |
| Вариант, ассоциированный с заболеванием | Вариант, для которого опубликована статистическая или клиническая связь с фенотипом | Ассоциация не всегда доказывает моногенную причинность и требует подтверждения |
| SNP или indel без установленной медицинской значимости | Любое однонуклеотидное изменение или небольшая вставка/делеция, выявленная в популяции или при секвенировании | Может быть доброкачественным, неопределённым или клинически значимым; автоматически в HGMD не включается |
| HGMD | Кураторская база вариантов, описанных в публикациях в связи с наследственными заболеваниями и функциональными эффектами | Используется для поиска ранее известных клинически значимых вариантов и литературных подтверждений |
| ClinVar | Репозиторий клинических интерпретаций вариантов от лабораторий и экспертных групп | Позволяет сопоставлять классификации, доказательства и степень согласованности между экспертами |
| dbSNP | Широкий каталог генетических вариантов человека, включая варианты без доказанной связи с заболеванием | Полезен для популяционного анализа, но сам факт наличия варианта не указывает на патогенность |
Данные HGMD следует рассматривать как один из источников доказательств, а не как окончательный диагностический результат. Для заключения о патогенности вариант оценивают по совокупности критериев ACMG/AMP и с учётом клинической картины. Особую осторожность требуется соблюдать при интерпретации вариантов с ограниченными публикационными или функциональными данными. Итоговая классификация должна быть согласована с фенотипом пациента и, при необходимости, подтверждена семейным исследованием.