2) только у пробанда
3) только у родителей
4) у родственников пробанда 2-3 поколений
Исследование трио — пробанда и обоих биологических родителей — позволяет определить характер наследования варианта, что является одним из ключевых компонентов оценки его патогенности при интерпретации данных NGS. Выявление варианта у больного ребёнка при его отсутствии у обоих родителей поддерживает его de novo-возникновение и может соответствовать критериям ACMG/AMP PS2 или PM6. Для достоверной оценки необходимы подтверждение биологического родства, сопоставление с фенотипом и исключение родительского мозаицизма.
Трио особенно информативно при заболеваниях с аутосомно-рецессивным типом наследования: у пробанда можно установить наличие двух патогенных вариантов в разных аллелях (in trans), тогда как их расположение в одном аллеле (in cis) не подтверждает нарушение функции обеих копий гена. Анализ родителей также помогает выявить носительство, определить фазу вариантов и уточнить соответствие предполагаемому типу наследования — аутосомно-доминантному, рецессивному или сцепленному с X-хромосомой. Эти данные повышают или, напротив, снижают доказательность варианта и позволяют корректно разграничить патогенные варианты, вероятно патогенные варианты и варианты неопределённого значения.
Исследование только пробанда не даёт возможности надёжно оценить происхождение варианта и его сегрегацию, а анализ расширенной родословной требуется преимущественно для подтверждения совместной встречаемости варианта с заболеванием в нескольких поколениях. Отсутствие варианта у родителей не является абсолютным доказательством его de novo-возникновения, поскольку возможны низкоуровневый мозаицизм, ошибки секвенирования или нарушение установления родства. Поэтому результаты трио интерпретируют совместно с клиническими признаками, популяционной частотой, данными о функциональном эффекте и механизмом заболевания.
| Молекулярная ситуация | Что выявляет анализ трио | Диагностическое значение |
|---|---|---|
| Вариант есть у пробанда и отсутствует у обоих родителей | Вероятное de novo-возникновение | Поддерживает критерии PS2/PM6 ACMG/AMP; значимость выше при типичном фенотипе и подтверждённом родстве |
| Варианты в обеих копиях гена у пробанда | Определяется, унаследованы ли они от разных родителей | Нахождение вариантов в конфигурации trans поддерживает критерий PM3 при аутосомно-рецессивном заболевании |
| Один вариант у пробанда и одного из родителей | Устанавливается наследование по одной родительской линии | Помогает подтвердить доминантный тип наследования или носительство при рецессивном заболевании; само по себе не доказывает патогенность |
| Вариант у больного пробанда и у клинически сходных родственников | Оценивается совместная передача варианта и фенотипа | Поддерживает критерий PP1; сила доказательства зависит от числа информативных родственников и качества фенотипирования |
| Вариант выявлен у здорового родителя при предполагаемом доминантном заболевании | Уточняется неполная пенетрантность, возраст-зависимая манифестация или фенокопия | Может ослабить причинную связь варианта с заболеванием либо указывать на особенности экспрессивности |
| Вариант отсутствует в образце родителя, но обнаруживается на низкой доле аллелей | Возможен соматический или гонадный мозаицизм | Требуется подтверждение методом с более высокой аналитической чувствительностью; риск повторного рождения может быть выше популяционного |
Таким образом, анализ трио предоставляет наиболее информативный контекст для интерпретации редких вариантов, обнаруженных NGS. Он позволяет связать генотип с фенотипом и механизмом наследования, но не заменяет оценку всех доказательств по классификации ACMG/AMP. При отрицательном результате у родителей необходимо учитывать технические ограничения и мозаицизм. Полученная информация имеет также практическое значение для уточнения диагноза, прогноза и медико-генетического консультирования семьи.