2) база; Structural Classification of Proteins (SCOP) (+)
3) база; Human Protein Reference Database (HPRD)
4) база; Genbank
Правильный ответ — база данных Structural Classification of Proteins (SCOP). Она предназначена для структурно-эволюционной классификации белковых доменов на основании сходства пространственной организации и аминокислотных последовательностей. Домен рассматривается как относительно самостоятельная структурно-функциональная единица белка, способная сохранять сходную укладку и происхождение у разных белков.
В SCOP используется иерархический принцип: выделяют классы по преобладающему типу вторичной структуры, далее — структурные укладки (fold), надсемейства и семейства. Объединение в семейство предполагает высокое сходство последовательностей и, как правило, общую функцию; надсемейство может включать белки с меньшим сходством последовательностей, но с убедительно близкой пространственной структурой и вероятным общим эволюционным происхождением. Такая систематизация применяется для анализа гомологии, предсказания функции и интерпретации вариантов в генах, кодирующих белки.
Другие перечисленные ресурсы имеют иное основное назначение. Protein Data Bank хранит координаты трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот, преимущественно полученных методами рентгеновской кристаллографии, ЯМР-спектроскопии и криоэлектронной микроскопии. HPRD содержит сведения о белках человека, включая взаимодействия и посттрансляционные модификации, а GenBank является архивом нуклеотидных последовательностей.
| Ресурс или уровень SCOP | Основное содержание | Ключевой критерий или назначение |
|---|---|---|
| SCOP | Классификация белковых доменов | Сходство пространственной структуры, аминокислотной последовательности и эволюционного происхождения |
| Класс SCOP | Крупная категория доменов | Преобладающий тип вторичной структуры: α-, β-, α/β- или α+β-структуры и другие группы |
| Fold, или структурная укладка | Группа доменов с общей топологией | Сходная пространственная организация вторичных структур независимо от выраженного сходства последовательностей |
| Надсемейство | Эволюционно родственные домены | Общая структурная организация и вероятное происхождение при ограниченном сходстве последовательностей |
| Семейство | Наиболее близкая группа доменов | Высокое сходство последовательностей, структуры и обычно биологической функции |
| Protein Data Bank (PDB) | Экспериментальные и расчетные трехмерные модели макромолекул | Хранение структурных данных, а не их основной эволюционной классификации |
SCOP особенно полезна при установлении принадлежности неизвестного домена к известному структурному или эволюционному типу. Сопоставление с классифицированными доменами помогает выявлять консервативные участки, функциональные мотивы и возможные патогенные изменения. Для комплексного анализа SCOP может использоваться совместно с PDB, откуда получают исходные структурные модели. Таким образом, именно SCOP соответствует классификации белковых доменов по сходству структуры и последовательности.