2) возможность проведения исследования в интерфазе клеточного цикла, в том числе на цитологических мазках, гистологических срезах
3) более высокую чувствительность
4) более высокую разрешающую способность и возможность выявить хромосомные аберрации, не определяемые при анализе дифференциально окрашенных хромосом
Метод FISH основан на гибридизации флуоресцентно меченых ДНК-зондов с комплементарными последовательностями хромосомного материала. В отличие от анализа дифференциально окрашенных хромосом, исследование может выполняться не только на метафазных пластинках, но и в интерфазных ядрах, а также на цитологических мазках, тканевых срезах и материале, фиксированном в парафине. Это особенно важно при отсутствии делящихся клеток или необходимости быстро подтвердить конкретную хромосомную аномалию.
Более высокая аналитическая чувствительность FISH обусловлена возможностью исследовать большое число интерфазных ядер и выявлять изменения числа или структуры хромосом по характерному изменению количества и локализации флуоресцентных сигналов. При использовании локус-специфических зондов метод обнаруживает микроделеции, амплификации и некоторые транслокации, размеры которых находятся ниже разрешающей способности стандартного кариотипирования. Однако FISH является таргетным методом: он выявляет только те изменения, для поиска которых выбраны соответствующие зонды.
Низкая стоимость реагентов и расходных материалов не относится к преимуществам FISH. Флуоресцентные зонды являются дорогостоящими специализированными реагентами, а исследование требует флуоресцентного микроскопа или системы автоматизированного анализа изображений. Поэтому при широком поиске неизвестных хромосомных перестроек предпочтительно начинать с кариотипирования или молекулярно-генетического метода полного геномного охвата, а FISH использовать для адресной диагностики и подтверждения предполагаемой аномалии.
| Критерий | FISH | Дифференциальное окрашивание хромосом |
|---|---|---|
| Тип исследуемого материала | Интерфазные и метафазные ядра, мазки, тканевые срезы, парафиновые блоки | Преимущественно клетки на стадии метафазы после культивирования |
| Принцип метода | Гибридизация флуоресцентного ДНК-зонда с комплементарным участком генома | Микроскопический анализ числа, структуры и характера окраски хромосом |
| Спектр выявляемых изменений | Адресное выявление анеуплоидий, микроделеций, амплификаций и известных транслокаций | Одновременная оценка всего хромосомного набора и крупных перестроек |
| Разрешающая способность | Выше при исследовании конкретного локуса; зависит от размера и расположения зонда | Ограничена видимым уровнем хромосомных полос; мелкие субмикроскопические изменения могут быть неразличимы |
| Чувствительность | Высокая при подсчёте сигналов в большом числе интерфазных ядер | Снижается при мозаицизме низкого уровня и недостаточном количестве анализируемых метафаз |
| Возможность обнаружения неизвестной аномалии | Ограничена набором использованных зондов; отрицательный результат не исключает других перестроек | Позволяет выявлять многие крупные несбалансированные изменения без предварительной гипотезы |
| Стоимость и оснащение | Специализированные зонды и флуоресцентная аппаратура обычно повышают стоимость исследования | Реагенты обычно дешевле, но требуется культура клеток и получение качественных метафазных препаратов |
Выбор FISH определяется клинической задачей и предполагаемым локусом или типом перестройки. Метод особенно полезен для быстрой пренатальной диагностики частых анеуплоидий, подтверждения онкогенетических транслокаций и поиска микроделеций. При отсутствии чёткой диагностической гипотезы FISH не заменяет методы полного геномного анализа, поскольку отрицательный результат отражает только отсутствие изменений в исследованных зондами участках.