2) мутаций в горячих точках генов наследственных опухолевых синдромов
3) копийности участков ДНК хромосомным микроматричным анализом
4) хромосомных перестроек стандартными методами кариотипирования
Наиболее эффективен параллельный анализ панели генов методом высокопроизводительного секвенирования нового поколения (NGS). Наследственные опухолевые синдромы генетически гетерогенны: сходная клиническая картина может быть обусловлена патогенными вариантами в разных генах, например BRCA1, BRCA2, TP53, MLH1, MSH2, APC, RET и других. NGS позволяет одновременно исследовать множество генов и выявлять однонуклеотидные замены, небольшие делеции и вставки, то есть основные классы вариантов, лежащих в основе наследственной предрасположенности к опухолям.
Диагностически значимым считается обнаружение патогенного или вероятно патогенного герминального варианта в гене, соответствующем клинико-генеалогическим данным и механизму синдрома. Результат интерпретируют с учетом популяционной частоты варианта, его влияния на функцию белка, данных функциональных исследований, сегрегации в семье и критериев классификации ACMG/AMP. Выявление варианта неопределенного клинического значения само по себе не подтверждает диагноз и не должно быть основанием для профилактических вмешательств.
Исследование ограниченного числа известных горячих точек может пропустить редкие или уникальные варианты, а кариотипирование и хромосомный микроматричный анализ преимущественно выявляют крупные хромосомные нарушения и изменения копийности. Поэтому при отрицательном результате NGS-панели, особенно при выраженном клиническом подозрении, дополнительно оценивают крупные делеции и дупликации методами MLPA, анализом CNV или другими валидированными технологиями.
| Подход | Основные выявляемые изменения | Диагностическая ценность при наследственных опухолевых синдромах | Основное ограничение |
|---|---|---|---|
| Мультигенная NGS-панель | Однонуклеотидные варианты, небольшие инсерции и делеции; при соответствующей валидации — CNV | Одновременное исследование множества генов при генетической и клинической гетерогенности синдромов | Необходимы контроль покрытия, подтверждение отдельных вариантов и оценка вариантов неопределенного значения |
| Анализ горячих точек | Ограниченный набор часто встречающихся патогенных вариантов | Целесообразен в популяциях с известными founder-вариантами или при конкретном клиническом подозрении | Пропускает редкие и новые варианты, расположенные вне исследуемых участков |
| Хромосомный микроматричный анализ | Микроделеции, микродупликации и другие изменения копийности | Полезен при подозрении на синдромы с геномным дисбалансом или множественными врожденными аномалиями | Обычно не выявляет точечные варианты и небольшие инсерции/делеции |
| Стандартное кариотипирование | Крупные числовые и структурные хромосомные перестройки | Применяется при подозрении на видимые цитогенетические аномалии | Низкое разрешение; большинство молекулярных вариантов генов остаются невыявленными |
| MLPA или специализированный анализ CNV | Крупные экзонные делеции и дупликации в отдельных генах | Дополняет секвенирование при подозрении на вариант, изменяющий число копий участков гена | Исследует ограниченный набор генов и не заменяет полноразмерное секвенирование |
| Секвенирование экзома или генома | Варианты в широком спектре кодирующих или всех геномных участков | Рассматривается при отрицательной целевой панели и сохраняющемся обоснованном подозрении | Требует сложной интерпретации, может выявлять вторичные находки и не всегда надежно обнаруживает структурные варианты |
Молекулярное исследование должно проводиться после клинико-генетической оценки, включающей анализ личного и семейного онкологического анамнеза. При подтверждении патогенного герминального варианта обследование имеет значение не только для пациента, но и для родственников в рамках каскадного тестирования. Генетический результат может определять индивидуальную программу онкологического наблюдения, профилактические мероприятия и выбор таргетной терапии. При отрицательном тесте риск не всегда исключается, поскольку возможны неохарактеризованные варианты, мозаицизм или еще не установленные генетические причины.